A bolognai ciklusos képzésre való átállás során néhány képzési program megmaradt a korábbi duális szerkezetben kialakult programstruktúrában, amelyben egymástól intézményileg is elkülönülve 3–4 éves főiskolai és 5–6 éves osztatlan (single-tier) egyetemi programok működtek csekély átjárási lehetőséggel. A hagyományos struktúrában való megmaradás oka, illetve célja területenként eltérő, de jellemzően a szabályozott szakmákra való felkészítő programok esetében fordul elő, és összefügg a szakma gyakorlásának külső szakmai szervezetek által megszabott feltételeivel, továbbá a képzés szakmai hagyományaival. Néhány program pár évnyi ciklusos szerkezetben való működés tapasztalata nyomán visszaalakult osztatlan, hosszú mesterképzéssé.
Az ezekre a képzésekre vonatkozó felvételi eljárás és követelmények tekintetében nincs a ciklusos rendszerben zajló alapképzési (bachelor) programokhoz képest sajátos eltérés vagy kivétel, a jelentkezők nemcsak hogy ugyanabban a mechanizmusban jutnak el a felvételig, de módjukban áll ugyanabban a folyamatban a hagyományos és a ciklusos szerkezetben zajló programokra egy időben is jelentkezni. A felvételi pontszámítás, a többletpontok számítása és más részletszabályok is megegyeznek.
A további tanulás tekintetében sincsenek akadályok, a korábbi, duális rendszerben megszerzett hagyományos főiskolai végzettségek alap- (bachelor) fokozatnak minősülnek a felsőoktatási törvény értelmében, és lehetőség van az ott végzőknek mesterprogramokra – illetve minden olyan programra, amely a jelentkezés feltételéül alap- (bachelor) fokozatot ír elő – továbblépni. A hagyományos egyetemi programok pedig mesterfokozatot adnak, és az azt megszerzőknek pedig lehetőségük van doktori képzésbe, illetve minden olyan programba jelentkezni, amely a belépés feltételéül mesterfokozatot ír elő.
A korábbi, duális szerkezetű főiskolai pedagógusképzésnek az óvodapedagógus, tanító, konduktor és gyógypedagógus programjai a ciklusos képzésre való átállást közvetlenül megelőzően estek át egy jelentősebb fejlesztési perióduson, és 3, illetve 4 éves, 180–240 kredites képzéseikkel valójában jól beleillettek az első bolognai ciklus formai keretei közé. Így – bár ténylegesen a ciklusos képzési szerkezet bevezetésekor már nem mentek át érdemi változtatásokon – formálisan az első ciklusba tartozónak tekinthetők.
A hagyományos, 5, illetve 6 éves egységes, osztatlan egyetemi rendszerű képzési programokra a hallgatók az első ciklusba tartozó programokra való felvételi eljárás folyamatában és követelményei szerint nyernek felvételt, ám megszakítatlan 10, illetve 12 féléves tanulmányokat követően mesterfokozatot szereznek. Tipikusan ilyen programok az orvostudományi képzési területen az általános orvosi (12 félév, 360 kredit), fogorvosi (10 félév, 300 kredit), gyógyszerészi (10 félév, 300 kredit) programok, az agrár területen az állatorvosi program (11 félév, 300+30 kredit), utóbb ilyenné alakult vissza az agrármérnöki és az erdőmérnöki program (10 félév, 300 kredit), a műszaki területen az építészmérnöki program (10 félév, 300 kredit), a jogi képzési területen a jogászképzés (10 félév, 300 kredit), a gazdasági területen a gazdasági és pénzügyi matematikai elemzés (10 félév, 300 kredit), néhány művészeti képzés (pl. filmdramaturg, színházi dramaturg, színházrendező, filmművész, festőművész, szobrászművész, grafikusművész, restaurátorművész, intermédia-művész, építőművész [ennek van ciklusos változata is]) (10 félév, 300 kredit), a tanárképzés (felső tagozatra és középiskolára egyaránt 10 félév, 300 kredit) és a különböző felekezetek teológiai képzése (10 félév, 300 kredit, illetve lelkipásztor szakirányon 12 félév, 360 kredit). Ezekben a programokban nagyobb, nappali tagozaton közel kétszer akkora számban vesznek részt hallgatók, mint a második ciklusba tartozó mesterprogramokban együttesen.
Egyes programoknak a hagyományos osztatlan változata mellett létrejött és működik osztott, a ciklusos szerkezetbe illesztett változatuk is attól függően, hogy az adott szakterületek, szakmák, illetve felsőoktatási intézmények milyen megegyezésekre tudtak jutni.