Compete ao Ministério da Educação, Ciência e Inovação (MECI) definir a política educativa, coordenar a sua aplicação e assegurar o funcionamento do sistema educativo, sendo o seu principal financiador. Outros Ministérios, as Regiões Autónomas e os Municípios também suportam parcelas do financiamento.
O MECI financia os seus serviços centrais e regionais, bem como os estabelecimentos de ensino público, através de dotações inscritas no Orçamento do Estado.
Também subsidia estabelecimentos de ensino particular e cooperativo do ensino básico e secundário, de acordo com o estabelecido no Estatuto do Ensino Particular e Cooperativo.
Em 2023, os orçamentos executados foram:
Educação Pré-escolar, Ensino Básico e Secundário
| Áreas de despesa | Orçamento de funcionamento | Investimento | Total |
| 1. Educação Pré-escolar e Ensino Básico e Secundário (a) | 5 055 975 757€ | 321 018 131€ | 5 376 993 888€ |
| 2. Educação Inclusiva | 332 273 732€ | 332 273 732€ | |
| 3. Educação e Formação de Jovens | 581 012 704€ | 15 365 277€ | 596 377 981€ |
| 4. Educação e Formação de Adultos | 63 241 508€ | 18 389 453€ | 81 630 961€ |
| 5. Ação Social Escolar (*) | 149 160 915€ | 149 160 915€ | |
| 6. Complementos educativos (a) | 11 713 030€ | 11 713 030€ | |
| 7. Administração e Serviços Tutelados | 6 284 229 715€ | 354 772 861€ | 6 639 002 576€ |
| Total (1) | 5 055 975 757€ | 321 018 131€ | 5 376 993 888€ |
| Ensino Particular e Cooperativo | 124 868 844€ | 124 868 844€ | |
| Difusão da Cultura e Ensino da Língua Portuguesa no Estrangeiro | 37 289 279€ | 1 850 742€ | 39 140 021€ |
| Total (2) | 162 158 123€ | 1 850 742€ | 164 008 865€ |
| Total (1+2) | 6 446 387 838€ | 356 623 603€ | 6 803 011 441€ |
Fonte: Instituto de Gestão Financeira da Educação (IGeFE). Nota: *A Área de despesa "Ação Social Escolar" inclui as Medidas 019 (DGEstE + EEEBS) e 017 (Bolsas aos alunos do ES (EEEBS). (a) Em 2022 deixam de fazer parte da Orgânica do ME as Entidades do Desporto e Juventude (Gabinete do Secretário de Estado do Desporto e Juventude, Instituto Português do Desporto e da Juventude, Autoridade para a Prevenção e Combate à Violência no Desporto, Autoridade Antidopagem de Portugal, Agência Nacional para a Gestão do Programa Erasmus+ Juventude em Ação e a Fundação do Desporto), bem como as atividades e medidas a elas associadas.
Ciência, Tecnologia e Ensino Superior, 2023
| Áreas de despesa | Orçamento de Funcionamento | Orçamento de Projetos | Total |
| 1. Ciência | 56 416 688€ | 520 017 534€ | 576 434 222€ |
| 2. Ensino Superior | 2 294 215 595€ | 273 870 687€ | 2 568 086 282€ |
| 3. Ação Social | 240 582 782€ | - | 240 582 782€ |
| 4. Serviços de Apoio | 5 764 296€ | - | 5 764 296€ |
| Total | 2 596 979 360€ | 793 888 221€ | 3 390 867 581€ |
Fonte: Instituto de Gestão Financeira da Educação CG-2023. Nota: A despesa correspondente a “Ação Social” releva os montantes apurados na respetiva atividade orçamental.
A Comissão Europeia tem também participado no financiamento da Educação, em Portugal, através do Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional (FEDER) e do Fundo Social Europeu+ (FSE+).
As Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, com meios próprios ou através de transferências orçamentais do Estado, financiam os seus serviços educativos e os estabelecimentos de ensino, nas respetivas regiões, com exceção do ensino superior.