1 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesine göre Bakanlık Merkez Teşkilatı Bakanlık Makamı, Bakan Yardımcılığı ve 22 (yirmi iki) hizmet biriminden oluşmaktadır. Bakanlık eğitim kurumlarının açılması, denetimi, kapanması ve okullarda okutulacak öğretim programlarının düzenlenmesinde yetkili ve görevlidir. Yine eğitim kurumlarında çalışacak öğretmenlerin atanma, görevden alma ve çalışması ile ilgili iş ve işlemlerin yürütülmesinden de sorumludur. Bakan, Bakanlık teşkilatının en üst amiridir. . Bakanlığın 22 (Yirmi iki) hizmet biriminden Temel Eğitim Genel Müdürlüğü, Ortaöğretim Genel Müdürlüğü, Mesleki ve Teknik Eğitim Genel Müdürlüğü, Din Öğretimi Genel Müdürlüğü, Hayat Boyu Öğrenme Genel Müdürlüğü, Özel Eğitim ve Rehberlik Hizmetleri Genel Müdürlüğü, Yükseköğretim ve Yurt Dışı Eğitim Genel Müdürlüğü, kendilerine bağlı eğitim kurumlarının öğretim politikalarını belirlemekle yetkili ve görevlidir. Bu birimler haricinde Özel Öğretim Kurumları Genel Müdürlüğü, ilgili birimleri tarafından belirlenen eğitim politikalarını uygulayan özel öğretim kurumlarının denetimini yürütmektedir. Tüm bu hizmet birimleri Talim ve Terbiye Kurulu Başkanlığının görüşü doğrultusunda kullanılacak eğitim materyallerini ve programlarını oluşturmaktadır. Ölçme, Değerlendirme ve Sınav Hizmetleri Genel Müdürlüğü, Merkezî sistemle yürütülen resmî ve özel yerleştirme, bitirme, karşılaştırma sınavlarını planlamak, uygulamak ve değerlendirmekle görevlidir. Personel Genel Müdürlüğü, Bakanlığın insan gücü politikası ve planlaması ile insan kaynakları sisteminin geliştirilmesi konusunda çalışmalar yapmak ve tekliflerde bulunmak ile görevlidir. Ayrıca; Yenilik ve Eğitim Teknolojileri Genel Müdürlüğü’nün görevi eğitim ve öğretimde teknolojik imkânların yurt çapında etkin ve yaygın biçimde kullanılmasını ve her öğrencinin bilgi teknolojilerinden yararlanmasını sağlamaktır. Yukarıda sayılan hizmet birimleri haricinde idari, mali, hukuki işleri ve denetim işlerini yürütmekle görevli hizmet birimleri de bulunmaktadır.
Türkiye’nin idari teşkilat yapısına uygun olarak eğitim faaliyetlerine ilişkin kararlar merkezde Millî Eğitim Bakanlığı tarafından alınmaktadır. Alınan kararlar yerel düzeyde il ve ilçe Millî eğitim müdürlükleri tarafından uygulanmaktadır. Okul açılması, öğretmenlerin atama ve yer değiştirme işlemleri, bütçe, yatırım işlemleri ve ilgili diğer tüm kararlar Millî Eğitim Bakanlığı tarafından alınmaktadır.
Millî Eğitim Bakanlığı Teftiş Kurulu Başkanlığı merkezden denetim yapmaktadır. Bununla birlikte, Eğitim sistemi merkezi düzeyde, Anayasa Mahkemesi, Danıştay, Sayıştay, Bölge İdare Mahkemeleri, İdare Mahkemeleri ile Devlet Denetleme Kurulu, tarafından Millî Eğitim Bakanlığının iş ve işlemleri yerinde veya tesis edilen idari işlem üzerinden denetlenmektedir.
5018 Sayılı Kamu Mali Yönetim ve Kontrol Kanununu kapsamında Millî Eğitim Bakanlığı bünyesinde kurulan İç Denetim Birimi Başkanlığı, eğitim sistemi üzerinde kaynakların etkili, ekonomik ve verimli kullanılması bakımından incelemeler yapıp ve önerilerde bulunmaktadır.
Yükseköğretim Kurulu, tüm yükseköğretimi düzenleyen ve yükseköğretim kurumlarının faaliyetlerine yön veren, 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile kendisine verilen görev ve yetkiler çerçevesinde özerkliğe ve kamu tüzel kişiliğine sahip, bir kuruluştur. Yükseköğretim kurumlarının “kanunda belirtilen amaç ve ilkeler doğrultusunda kurulmasını, geliştirilmesini ve üniversitelere tahsis edilen kaynakların etkili bir biçimde kullanılmasını sağlamak” sorumluluğu da bu kuruma yüklenmiştir. Üniversitelerin hazırladığı bütçeler; Yükseköğretim Kurulunca tetkik ve onaylandıktan sonra Millî Eğitim Bakanlığına sunulur ve merkezi yönetim bütçesinin bağlı olduğu esaslara uygun olarak işleme tâbi tutularak yürürlüğe konulur ve denetlenir.