Seadusandliku ja täidesaatva riigivõimu tasandil juhivad haridussüsteemi Riigikogu, Vabariigi Valitsus ning Haridus- ja Teadusministeerium. Oma kindel roll haridussüsteemi juhtimises on maakonnal, kohalikul omavalitsusel, haridusasutusel.

Riigikogu ainupädevusse kuulub:

• haridussüsteemi kujundamise, toimimise ning arengu põhimõtete kindlaksmääramine;
• õppemaksu kehtestamine avalikes õppe- ja kasvatusasutustes ning avalik-õiguslikes ülikoolides;
• avalik-õigusliku ülikooli asutamise, ühinemise, jagunemise ja tegevuse lõpetamise otsustamine.

Vabariigi Valitsuse pädevusse kuulub:

• hariduse riiklike arenguprogrammide vastuvõtmine ja nende elluviimiseks tagatiste loomine;
• avalike haridusasutuste moodustamise, ümberkorraldamise ja nende tegevuse lõpetamise korra kehtestamine;
• avalike õppe- ja kasvatusasutuste ning avalik-õiguslike ülikoolide õppemaksu ja tasumäärade ning tasustamise korra kehtestamine;
• riigi tagatud õppelaenu maksimaalmäära kehtestamine;
• õpilastele, üliõpilastele ja haridustöötajatele riiklike soodustuste, sealhulgas krediidisoodustuste kehtestamine;
• kõrgharidusstandardi kehtestamine;
• õpetajate koolituse raamnõuete kinnitamine;
• õppeasutustele kõrgharidustaseme õppe läbiviimise ning vastavate akadeemiliste kraadide ja diplomite väljastamise õiguse andmine.

Haridus- ja Teadusministeeriumi valitsemisalas on riigi  haridus-, teadus-, arhiivi-, noorte- ja keelepoliitika kavandamine ning sellega seonduvalt alus-, põhi-, üldkesk-, kutsekesk-, kõrg-, huviala- ning täiskasvanuhariduse, teadus- ja arendustegevuse, noorsootöö ja erinoorsootöö valdkondade korraldamine ning vastavate õigusaktide eelnõude koostamine.

Haridus- ja Teadusministeeriumi peamiseks ülesandeks on tagada haridus-, teadus-, noorte- ja keelepoliitika sihipärane ja tõhus areng ning teadus- ja arendustegevuse kõrge tase ja konkurentsivõime.

Ülesannete täitmiseks ministeerium:

• planeerib, korraldab ja arendab haridus-, teadus-, noorte- ja keelepoliitikat; 
• töötab välja riigi arengukavad haridus-, teadus-, noorte- ja keelepoliitika valdkondades ning tagab nende kooskõla üleriigiliste ja valdkondlike arengukavadega; korraldab arengukavade rahastamise, elluviimise ja tulemuste hindamise; 
• teostab riikliku järelevalvet haridusasutuste õppe- ja kasvatustegevuse üle, samuti riiklike õppekavade ja muude haridusstandardite täitmise üle;
• planeerib, arendab riiklike õppekavasid ja muid haridusstandardeid ning korraldab nende koostamise ja akrediteerimise.

Haridus- ja Teadusministeeriumi juhivad minister, kantsler ja kolm asekantslerit: kõrghariduse, teaduse ja keelepoliitika; üldhariduse, noortepoliitika ja koolivõrgu ning kutse- ja täiskasvanuhariduse ning planeerimise  asekantsler. Ministrile allub otse siseauditi osakond. Kõrghariduse, teaduse ja keelepoliitika asekantsleri vastutusalas on  kõrghariduse osakond, keeleosakond ning teadusosakond.  Üldhariduse, noortepoliitika ja koolivõrgu  asekantslerile alluvad vahetult koolivõrgu osakond, üldharidusosakond ning noorteosakond.  Kutse- ja täiskasvanuhariduse ning planeerimise asekantsleri vastutusalas on  analüüsiosakond, E-teenuste osakond, kutsehariduse osakond, rahandusosakond, riigivaraosakond ja täiskasvanuhariduse osakond.

Lisaks kuuluvad ministeeriumi koosseisu ministri nõunikud ja ministeeriumi nõunikud, kes alluvad kantslerile või asekantslerile. 

Haridus- ja teadusministeeriumi valitsemisalas on Keeleinspektsioon, kelle peaülesanne on keeleseaduse ja teiste keelekasutust reguleerivate õigusaktide täitmise järelevalve, ning Rahvusarhiiv, kelle ülesanne on tagada dokumenteeritud kultuuripärandi säilimine.