Koolikohustust võib täita ka kodus õppides. Koduõpe võib toimuda kas lapsevanema soovil või tervislikel põhjustel. Koduõppel olev õpilane jääb kooli õpilaste nimekirja. Ta saab õpikud, töövihikud ning muud õppetööks vajalikud vahendid samadel alustel ja korras kui koolis koolikohustust täitev õpilane. Kool koostab koostöös õpet läbiviiva isikuga õpilasele kooli õppekavast lähtudes individuaalse õppekava. Kool kontrollib ainealaseid teadmisi ja oskusi ning nende vastavust õppekavas sätestatud eesmärkidele vähemalt kaks korda õppeaastas.
Lapsevanema soovil väljaspool kooli toimuvat õpetööd korraldab ja finantseerib lapsevanem.
Eesti välisesinduses lähetuses või pikaajalises välislähetuses viibiva avaliku teenistujaga kaasas olevale lapsele, kes ajutiselt omandab välisriigi õppeasutuses haridust, võidakse koduõpet rakendada ainult nende õppeainete ja teemade osas, mida välisriigi õppeasutuse õppekava ei sisalda.
Tervislikel põhjustel elukohas läbiviidavat õpet korraldab kool, mille nimekirja õpilane on kantud. Õpilasele antakse konsultatsioone vähemalt 8 tunni ulatuses nädalas.
Kutseõppeasutus võib põhikooli riikliku õppekavaga ettenähtud valikõppeainete raames pakkuda kutseõpet põhikoolis. Kutseõppe õppekava läbinud õpilane omandab esmased kutse-, eri- või ametialased teadmised ja oskused ning võib jätkata õpinguid kutseõppeasutuses, kusjuures õpingute jätkamisel arvestatakse omandatud teadmisi ja oskusi.
Õpilase või vanema ja kooli kokkuleppel võib kool arvestada õpilase õppekavavälist õppimist või tegevust (sh õpinguid huvikoolis või mõnes teises üldhariduskoolis, osalemine treeningutel jms) koolis õpetatava osana, kui see võimaldab õpilasel saavutada kooli või individuaalse õppekavaga määratud õpitulemusi.
Õppe- ja kasvatustegevus koolis võib toimuda ka Rahvusvahelise Bakalaureuseõppe Organisatsiooni (International Baccalaureate Organization) õppekava ning Euroopa koolide põhikirja konventsiooni alusel väljatöötatud õppekava kohaselt. Selle õppekava alusel võib õpetada kool, mis on saanud Rahvusvahelise Bakalaureuseõppe Organisatsiooni tunnustuse õppekava rakendamiseks.
Välisriigi õppeasutuste ja nende filiaalide asutamine on Eesti Vabariigis lubatud vastavasisuliste riikidevaheliste kokkulepete alusel.
Põhiharidust on võimalik omandada ka mittestatsionaarses õppes, mis on mõeldud eelkõige 17-aastastele ja vanematele isikutele. Mittestatsionaarses õppes järgitakse põhikooli riiklikku õppekava, kuid kohustuslike õppeainete hulgas ei ole kehalist kasvatust, tööõpetust ega kodundust ning tehnoloogiaõpetust, samuti võib õpilane loobuda B-võõrkeele õppest. Kool tagab õpilasele juhendatud õppetegevuse vähemalt 24 õppetundi nädalas.
Mittestatsionaarses õppevormis on võimalik õppida ka üksikuid õppeaineid.
Põhikooli on võimalik lõpetada ka eksternina.
Hariduslike erivajadustega õpilaste õppe paremaks korraldamiseks võib asutada ja pidada hariduslike erivajadustega õpilaste koole. Riik tagab koolide asutamise ja pidamise nägemis- ja kuulmispuudega õpilastele, liikumispuudega õpilastele, kellel lisaks liikumispuudele esineb täiendav hariduslik erivajadus, tundeelu- ja käitumishäiretega õpilastele, toimetuleku- ja hooldusõppel olevatele ning kasvatuse eritingimusi vajavatele õpilastele.