Haridusasutuste rahastamine sõltub nende omandivormist: kas tegemist on riigi-, munitsipaal- (kohaliku omavalitsuse) või eraõppeasutusega. Riigiõppeasutusi rahastatakse riigieelarvest. Munitsipaalõppeasutusi rahastatakse riigi ja kohaliku omavalitsuse eelarvest. Lisaks võivad nii munitsipaal- kui ka riigiõppeasutuste puhul kõne alla tulla toetused eraõiguslikelt juriidilistelt isikutelt, tasulised teenused jms. Rahastamisel on suure tähtsusega toetused Euroopa Liidu struktuurivahenditest.
Eraõppeasutuse kulud katab erakooli pidaja ning kindlaks määratud juhtudel eraldab toetust kohalik omavalitsus või riik. Erakoolide seaduse muudatusega alates 2018. aastast maksab riik erakoolide pidajatele tegevuskulu toetust 100 protsendi ulatuses munitsipaalkoolide keskmisest tegevuskulust.
Riigieelarvest kaetakse ka erakutseõppeasutuste ja erakõrgkoolide õppekohtade kulud riiklikult tellitud õppekohtade ulatuses. Kõikidel eraõppeasutustel on õigus võtta õppemaksu ja selle suuruse määrab erakooli pidaja ning seda ei muudeta õppeaasta jooksul.
Valdav enamik koolieelsetes lasteasutustes käivatest lastest (95%) käib munitsipaallasteaedades, mille osakaal lasteasutuste koguarvust oli 2020/21. õppeaastal 91%. Asutuste kulud katab üldjuhul pidaja, lastevanemate panuse suurus sõltub kohalikust omavalitsuses kehtestatud määradest. Lapsevanemad tasuvad kohatasu ja toiduraha. Riigieelarvest toetatakse munitsipaallasteasutuste õpetajate täienduskoolituse ning projektipõhiselt investeeringute rahastamist. Lisaks ka toetus muukeelsete laste eesti keele õppeks vastavalt omavalitsuse taotlusele. Valitsemissektori alushariduse kuludest (363 mln eurot) suurima osa moodustavad kohalike omavalitsuste kulu (2019. a andmed). Valitsemissektori alushariduskulude osakaal SKPst oli 2019. aastal 1,31% (eelmisel aastal 1,22% SKPst).
89% põhikoolide ja gümnaasiumide õpilastest õpib munitsipaalkoolides, 6% õpilaste koguarvust õpib era- ja 4% riigikoolides. Koolidest 83% on munitsipaalkoolid, 11% era- ja 6% riigikoolid (2020/21. õppeaastal). Koolide kulud katab kooli pidaja (ehk üldjuhul kohalik omavalitsus, erakooli puhul eraõiguslik juriidiline isik), riigieelarvest toetatakse nii munitsipaal- kui erakoole: õpetajate ja juhtide palga ja täienduskoolituste kulude katmist ning õppekirjanduse ja õpilaste koolilõuna kulude katmist. Kuni 2015. aasta lõpuni anti toetust ka investeeringuteks. Lisaks eraldab riik raha õpilaskodude toetuseks. Valitsemissektori üldhariduskuludest (664,2 mln eurot) moodustavad kohalike omavalitsuste kulud 73% ja keskvalitsuse kulud 27% (2019.a andmed). Valitsemissektori üldhariduskulude osakaal SKPst oli 2019. aastal 2,4% .
Kutseharidust pakkus 2020/21. õppeaastal kokku 37 õppeasutust, millest 5 on rakenduskõrgkoolid, ülejäänud kutsekoolid. 26 kutseõppeasutust on riigikoolid, neli era- ja kaks munitsipaalkoolid (2020/21. õppeaastal).
Kuni 2018. aastani rahastas riik kutsekoole kutseõppe tasemeõppe riikliku koolitustellimuse alusel moodustatud koolituskohtade ulatuses. Kooli eelarve kujunes riikliku koolitustellimuse koolituskohtade arvu, koolituskoha baasmaksumuse ja õppekavarühmade koefitsientide korrutisena. Alates 2017. aastast oli baasmaksumuse määr on 1665 eurot.
Lisaks rakendati koefitsiente erinevate õppekavarühmade ja õpilaste hariduslike erivajaduste korral.
1. jaanuarist 2019. a jõustus uus kutseõppeasutuse seadus, millega asendati riikliku koolitustellimuse alusel koolide rahastamine tegevustoetusega. Tegevustoetus on toetus kutseõpet korraldavale õppeasutusele kvaliteetse kutseõppe korraldamiseks ja arengukava täitmiseks.
Kutseharidust pakkuv õppeasutus võib lisaks teenida tulu majandustegevusest (õppepraktika käigus kaupade ja teenuste müük), kooli põhitegevusega seotud tasuliste teenuste osutamisest ning kasutada muid finantseerimisallikaid. Seega võivad kõik kutseharidust pakkuvad õppeasutused võtta vastu õpilasi ka tasulistele kohtadele.
Kokkuvõttes õppis 2020/21. õppeaastal kutseõppe õpilastest 86% riigikoolides, 12% munitsipaal- ja 1% erakoolides. Valitsemissektori kutsehariduse kuludest (909 mln eurot) suurima osa (93%) moodustab keskvalitsuse panus ja 7% kohalike omavalitsuste panus (2019. a andmed). Valitsemissektori kutsehariduskulude osakaal SKPst oli 2019. aastal 0,39%.
Kõrghariduse õppekavadel sai 2020/21. õppeaastal õppida kokku 18 koolis, millest 6 olid avalik-õiguslikud ülikoolid, 4 erarakenduskõrgkoolid, 7 rakenduskõrgkoolid ja 1 eraülikool.
Avalik-õiguslikke ülikooli finantseeritakse suures osas riigieelarvest (tegevustoetus õppekulude katmiseks, majanduskulud, investeeringud ja sihtotstarbelised finantseeringud). Ülikoolidele laekub tulu ka põhitegevusest tulenevate tasuliste teenuste osutamisest ning teadus- ja arendustegevusest. Rakenduskõrgkoole finantseeritakse riigieelarvest.
Valitsemissektori kulud kõrgharidusse olid 2019. aastal 317,4 mln eurot. Valitsemissektori kõrghariduskulude osakaal SKP-st oli 2019. aastal 1,14%.
Täiskasvanud õppijal on võimalik omandada põhi- ja üldkeskharidust mittestatsionaarses õppevormis tasuta (kulud katab kohalik omavalitsus ja keskvalitsus sarnaselt üldhariduse rahastamisele). Kutseõppeasutustes pakutakse riigieelarvest finantseeritud õppimisvõimalusi nii kooli- kui töökohapõhises õppevormis. Kõrghariduses on osakoormusega õpe tasuline. Tööalase koolituse eest maksab õppija ise, tema tööandja või on vastavad kursused rahastatud EL struktuuritoetustest. Töö- ja teenistussuhtega otseselt seotud tasemekoolituse kulude katmist ei käsitleta erisoodustusena, st, töötaja tasemekoolitusele tehtud kulutustelt ei pea tööandja maksma erisoodustusmaksu.
Riiklikult rahastatud koolitused jagunevad kolme ministeeriumi vastutusalasse: töötute koolitust rahastatakse Sotsiaalministeeriumi vahenditest, Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium toetab koolituste läbiviimist ettevõtetes ning Haridus- ja Teadusministeerium toetab kogu ülejäänud täiskasvanud elanikkonna koolitamist. Vähesel määral on võimalik koolitustoetust taotleda põllumajandussektoris töötavatel inimestel, selleks on vahendid ette nähtud Maaeluministeeriumi eelarves. Vabahariduslik koolitus on küll õppija jaoks tasuline, kuid Haridus- ja Teadusministeerium toetab riigieelarvest vabahariduslike koolituskeskuste tegevust.
Eesti valitsussektori hariduskulude osakaal SKPst oli aastatel 2009–2019 vahemikus 5,6% (2014) kuni 7,2% (2009), sealjuures 2019. aastal oli see 6,21%. 2020. aasta eelarve kohaselt tõusid hariduskulud võrreldes 2019. aastaga 1% (eelarve alusel on 2020. aastal kogu valitsussektori hariduskulud kokku 1 715,5 mln eurot. Kodumajapidamiste hariduskulutuste suurus 2020. aastal oli Eesti Statistikameti andmetel 53,4 mln eurot.