Haridussüsteemi üldine korraldus ja põhimõtted sätestatakse Eesti Vabariigi haridusseaduses ning täpsustatakse alamates seadustes, mis on struktureeritud õppeasutuste liikide kaupa.
Haridussüsteemi ülesehitus ning riigi haridusstandard peavad looma igaühele võimaluse siirduda ühelt haridustasemelt teisele. Haridustasemed on alusharidus, põhiharidus (I tase), keskharidus (II tase), mis jaguneb üldkeskhariduseks ja kutsekeskhariduseks, ja kõrgharidus (III tase).
Koolikohustuslik on laps, kes jooksva aasta 1. oktoobriks on saanud seitsmeaastaseks. Enne seda omandab ta tavaliselt alusharidust lasteaias. Õppimiskohustus kestab kuni 18-aastaseks saamiseni. Kui noor täidab kutsehariduse või keskhariduse lõpetamise nõuded enne täisealiseks saamist, loetakse õppimiskohustus täidetuks.
Lasteaiad ja üldhariduskoolid on valdavalt munitsipaalasutused; kutseõppeasutused ja rakenduskõrgkoolid valdavalt riigikoolid ja ülikoolid avalik-õiguslikud asutused.
Eesti lasteaedades, üldharidus- ja kutsekoolides toimub õppetöö, sõltumata õppekeelest, ühtsete riiklike õppekavade alusel, millest lähtudes koostavad õppeasutused oma õppekavad. Üldnõuded kõrgharidusõppele ja -õppekavadele ning õppejõududele on kehtestatud raamdokumendiga – kõrgharidusstandardiga.
Hariduse andmine on riigi järelevalve all. Riigi tasandil võetakse vastu hariduse pikaajalised arengukavad ja seadused, kehtestatakse riiklikud standardid (alushariduse, põhikooli, gümnaasiumi ja kutseõppeasutuste riiklikud õppekavad ning kõrgharidusstandard), rahastamispõhimõtted ja järelevalve- ning kvaliteedihindamise süsteemid.
Omavalitsused peab peavad tagama lasteaiakohad ning koolikohustuslikele lastele võimaluse õppida elukohajärgses koolis, nad peavad ülal koolieelseid lasteasutusi, põhikoole ja gümnaasiume. Riigieelarvest eraldatakse haridustoetust üldhariduskoolide õpetajate palgaks ja täienduskoolituseks, lisaks eraldised investeeringuteks, koolilõuna kuludeks ning õpikute ja õppevahenditega seotud kuludeks. Samadel alustel munitsipaalkoolidega nähakse toetus ette ka erakoolidele.
Eesti haridussüsteem on detsentraliseeritud. Vastutuse jaotus riigi, omavalitsuse ja kooli vahel on selgelt piiritletud.
Eesti haridussüsteemi käsitlevaid andmeid koondab veebipõhine riiklik register EHIS (Eesti Hariduse Infosüsteem). EHIS sisaldab andmeid õppeasutuste, õppurite, pedagoogide ja õppejõudude, õppekavade ja koolituslubade, õppekirjanduse ning haridust tõendavate dokumentide kohta.
Haridus- ja Teadusministeeriumi valitsemisalas olevate valdkondade statistikaga saab tutvuda Eesti hariduse teabeväravas HaridusSilm. Sealt leiab andmeid alus-, üld-, kutse- ja kõrghariduse, teaduse, hariduskulude, õpetajate palgastatistika ja palju muu kohta.