V prípade študijných programov v niektorých študijných odboroch sa štúdium nečlení na štúdium prvého a druhého stupňa a uskutočňuje sa v celku. Možnosť spájať študijné programy prvého a druhého stupňa upravuje vyhláška Ministerstva školstva, vedy, výskumu a športu SR č. 244/2019 Z. z. o sústave študijných odborov SR. 

Podmienky prijatia sú rovnocenné s podmienkami prijatia na bakalárske študijné programy. Pre viac informácií pozri kapitolu 7.2.1 Bakalár.

Študijné programy spájajúce prvý stupeň a druhý stupeň zodpovedajú úrovni 7 Národného kvalifikačného rámca/Európskeho kvalifikačného rámca. V študijných odboroch fyzika, teológia,  logopédia a liečebná pedagogika, učiteľstvo a pedagogické vedy a veterinárske lekárstvo je možné spájať študijné programy prvého stupňa a študijné programy druhého stupňa do jedného celku. V študijných odboroch farmácia, všeobecné lekárstvo a zubné lekárstvo nie je možné študovať samostatne v študijných programoch prvého stupňa a samostatne v študijných programoch druhého stupňa, teda všetky študijné programy sa uskutočňujú vo forme študijných programov spájajúcich prvý a druhý stupeň. V ostatných študijných odboroch nie je možné spájať prvý a druhý stupeň.

Štandardná dĺžka štúdia, pre študijný program spájajúci prvý stupeň a druhý stupeň je päť alebo šesť rokov. Počet kreditov, ktorých dosiahnutie je 300 (5 akademických rokov) alebo 360 kreditov (6 akademických rokov).

Absolvent takéhoto študijného programu získava vysokoškolské vzdelanie druhého stupňa.  Štúdium sa ukončuje štátnou skúškou pred skúšobnou komisiou. Súčasťou štátnej skúšky je obhajoba diplomovej práce. Vysoké školy udeľujú absolventom akademický titul:

• „magister“ (Mgr.),
• v doktorských študijných programoch v oblasti všeobecného humánneho lekárstva „doktor všeobecného lekárstva“ (MUDr.), v oblasti zubného humánneho lekárstva„doktor zubného lekárstva“ (MDDr.) a v oblasti veterinárskeho lekárstva „doktor veterinárskeho lekárstva“ (MVDr.)
   

Pre viac informácií pozri kapitolu 7.3. Programy druhého stupňa.