V slovenskom vzdelávacom systéme  sa legislatívny, kurikulárny, kvalifikačný a finančný rámec definuje na centrálnej úrovni, zatiaľ čo zriaďovanie a prevádzka väčšiny škôl je decentralizovaná.  

Centrálna úroveň určuje celoštátne ciele a pravidlá. Regionálna úroveň zabezpečuje ich uplatňovanie a podieľa sa na organizácii, dostupnosti a rozvoji siete škôl podľa potrieb jednotlivých regiónov. 

Za centrálnu úroveň sa považujú najmä ministerstvá a orgány s celoštátnou pôsobnosťou. Regionálnu úroveň tvoria regionálne úrady školskej správy ako orgány miestnej štátnej správy a samosprávne kraje ako orgány územnej samosprávy. Miestna úroveň a riadenie na úrovni jednotlivých škôl nie sú predmetom tejto kapitoly. 

Na celoštátnej úrovni pôsobia aj zákonom zriadené nezávislé inštitúcie a organizácie v zriaďovateľskej pôsobnosti ministerstva, ktoré zabezpečujú najmä externé hodnotenie, metodickú podporu, odborný rozvoj a podporu kvality vzdelávania. Na regionálnej a lokálnej úrovni vyššie územné cely a obce zriaďujú väčšinu verejných materských, základných a stredných škôl a rozhodujú o ich prevádzke a rozvoji v medziach celoštátnej legislatívy. Vysoké školy majú rozsiahlu zákonom garantovanú akademickú a samosprávnu autonómiu. 

Pôsobnosť, organizáciu a úlohy orgánov štátnej správy v školstve, obcí, samosprávnych krajov a orgánov školskej samosprávy upravuje  zákon č. 321/2025 Z. z. o školskej správe. Riadenie vysokého školstva, postavenie a pôsobnosť vysokých škôl a kompetencie orgánov štátnej správy upravuje zákon č. 300/2025 Z. z. o vysokých školách, zatiaľ čo systém vzdelávania dospelých a pôsobnosť jeho kľúčových inštitúcií upravuje zákon č. 292/2024 Z. z. o vzdelávaní dospelých. Starostlivosť poskytovaná v detských jasliach nie je súčasťou systému vzdelávania, ale sociálnou službou upravenou zákonom č. 448/2008 Z. z. o sociálnych službách.

Ministerstvo školstva je ústredným orgánom štátnej správy pre školstvo, vysoké školstvo, vedu, výskum, a mládež. Riadi ho minister a jeho odborné a administratívne činnosti zabezpečujú sekcie, odbory, oddelenia, kancelárie a ďalšie organizačné útvary. Vnútornú štruktúru upravuje organizačný poriadok ministerstva. 

V predprimárnom, primárnom a sekundárnom vzdelávaní, vrátane odborného vzdelávania a prípravy ministerstvo určuje celoštátne smerovanie, pripravuje právne predpisy, koncepcie a strategické dokumenty a zjednocuje postup pri ich uplatňovaní. Vydáva štátne vzdelávacie programy, rámcové učebné plány, vzdelávacie štandardy a organizačné pokyny. Rozhoduje vo veciach registra škôl a školských zariadení, stanovuje normatívy materiálneho, technického a priestorového zabezpečenia a riadi regionálne úrady školskej správy. V druhom stupni preskúmava rozhodnutia regionálnych úradov a kontroluje dodržiavanie pravidiel v oblastiach, ktoré nepatria Štátnej školskej inšpekcii. 

Ministerstvo určuje aj základný celoštátny rámec financovania. Podrobnosti o rozdeľovaní zdrojov a finančných povinnostiach jednotlivých aktérov sú uvedené v kapitole 2 Financovanie vzdelávania. 

Vo vysokom školstve ministerstvo určuje strategické smerovanie, vedie celoštátne informačné systémy a dohliada na zákonnosť. Vysoké školy však samostatne rozhodujú o svojej akademickej, organizačnej a vnútornej činnosti v rozsahu ustanovenom zákonom. Kvalitu vysokoškolského vzdelávania externe posudzuje Slovenská akreditačná agentúra pre vysoké školstvo. Agentúra je verejnoprávna inštitúcia a pri výkone svojich právomocí postupuje nezávisle. 

Vo vzdelávaní dospelých ministerstvo vytvára regulačný a kvalitatívny rámec, zabezpečuje certifikáciu vzdelávacích inštitúcií, vedie zákonom určené registre a kontroluje plnenie podmienok. Systém zahŕňa akreditáciu programov vedúcich k profesijným kvalifikáciám, overovanie vzdelávacích výstupov, mikroosvedčenia a Slovenský kvalifikačný rámec. Odborné úlohy v prepojení kvalifikácií s trhom práce plní Aliancia sektorových rád. 
 

Štátna školská inšpekcia je orgánom štátnej správy s celoštátnou pôsobnosťou a pri svojej činnosti je nezávislá. Kontroluje úroveň pedagogického riadenia, výchovy a vzdelávania a podmienky, v ktorých sa uskutočňujú. Ministerstvo zdravotníctva vykonáva osobitné právomoci vo vzťahu k stredným zdravotníckym školám, najmä vo veciach registra a kontroly odbornej zložky prípravy. Ministerstvo vnútra zriaďuje, riadi a zrušuje policajné školy a školy požiarnej ochrany a vykonáva voči nim vybrané právomoci v oblasti organizácie, obsahu a kontroly odborného vzdelávania. Starostlivosť o deti do troch rokov veku, ako sociálna služba, spadá do kompetencie Ministerstva práce, sociálnych vecí a rodiny. 

Odbornú a metodickú podporu zabezpečujú najmä Národný inštitút vzdelávania a mládeže, Štátny inštitút odborného vzdelávania, Centrum vedecko-technických informácií SR a Výskumný ústav detskej psychológie a patopsychológie. Tieto organizácie pripravujú odborné podklady, podporujú kurikulárny rozvoj, profesijný rozvoj, testovanie, odborné vzdelávanie, zber údajov, poradenstvo a prácu s mládežou. Nejde však o samostatnú úroveň verejnej správy; plnia odborné úlohy v rámci celoštátneho systému.  

Regionálne úrady sú orgánmi miestnej štátnej správy v školstve. Sídlia v krajských mestách, ich územným obvodom je príslušný kraj a organizačne aj finančne sú napojené na ministerstvo školstva. Zabezpečujú jednotné uplatňovanie celoštátnej politiky a právnych predpisov v školách a školských zariadeniach na svojom území. Regionálne úrady

Regionálne úrady sú zároveň zriaďovateľmi najmä škôl pre deti a žiakov so zdravotným znevýhodnením, výchovných zariadení a zariadení poradenstva a prevencie. Na návrh ministerstva môžu zriadiť aj materskú, základnú alebo strednú školu. Ako zriaďovatelia zabezpečujú ich materiálne, priestorové, personálne a investičné podmienky. 

Samosprávne kraje zodpovedajú najmä za dostupnosť a rozvoj stredného školstva na svojom území. V rámci preneseného výkonu štátnej správy zriaďujú stredné školy. Ak je stredná škola súčasťou spojenej školy, môžu zriaďovať aj jej materskú alebo základnú školu. V rámci samosprávnej pôsobnosti môžu zriaďovať základné umelecké školy, jazykové školy, centrá voľného času, školské internáty a zariadenia školského stravovania. 

Voči svojim školám plnia všeobecné úlohy zriaďovateľa. Vytvárajú podmienky na vzdelávanie, zabezpečujú podmienky na činnosť škôl, vedú personálnu agendu riaditeľov a prerokúvajú s nimi organizačné podmienky školského roka. Kontrolujú dodržiavanie právnych predpisov v rozsahu ustanovenom zákonom, vybavujú sťažnosti patriace do ich pôsobnosti a rozhodujú o odvolaniach proti rozhodnutiam svojich škôl. Vyjadrujú sa aj k zápisu a výmazu stredných škôl a vybraných zariadení iných zriaďovateľov, čím sa podieľajú na formovaní regionálnej siete.