Súčasťou školského systém sú aj neštátne školy (súkromné a cirkevné). Zriaďovateľmi súkromných škôl sú fyzické alebo právnické osoby. Zriaďovateľom cirkevnej školy môže byť štátom uznaná cirkev alebo náboženská spoločnosť.
Cieľom cirkevnej a súkromnej školy a školského zariadenia je popri kvalitnom vzdelávaní a výchove
- poskytovať alternatívny obsah výchovy a vzdelávania,
- uplatňovať nové metódy a formy vo vzdelávaní a výchove, ale aj
- naplniť právo rodičov na výber školy a školského zariadenia pre svoje deti podľa presvedčenia.
Vznik cirkevných a súkromných škôl a školských zariadení po roku 1990 vytvoril tiež potrebný priestor pre konkurenčné prostredie v rámci celej sústavy škôl a školských zariadení.
Vzdelanie v neštátnych školách je rovnocenné so vzdelaním v štátnych školách, všetky školy majú rovnocenné postavenie vo vzdelávacej sústave Slovenskej republiky.
Zariadenia starostlivosti pre deti do 3 rokov veku (detské jasle) nie sú vzdelávacie zariadenia zaradené do siete škôl a školských zariadení ale starostlivosť o deti, ktorú poskytujú je definovaná ako sociálna služba. Väčšina zariadení je prevádzkovaná súkromnými poskytovateľmi. Súkromným poskytovateľom môže byť akákoľvek iná právnická alebo fyzická osoba, a to bez ohľadu na jej právnu formu (napr. občianske združenie, nezisková organizácia, registrovaná cirkev alebo náboženská spoločnosť, fyzická osoba a pod.) Podmienkou na oprávnene prevádzkovať detské jasle je zápis do registra poskytovateľov sociálnych služieb.
Súkromné detské jasle nie sú dotované z verejných zdrojov, služby starostlivosti o deti do 3 rokov sa poskytujú za úhradu. V prípade, že detské jasle nie sú prevádzkované za účelom zisku (ako podnikateľská činnosť) môžu získať príspevok z prostriedkov obce.
| Počet zariadení pre deti do 3 rokov veku a počet detí v roku 2021 | verejní poskytovatelia | súkromní poskytovatelia | ||
| zariadenia | deti | zariadenia | deti | |
| zariadenie starostlivosti pre deti do 3 rokov veku | 45 | 855 | 157 | 1796 |
Zdroj: Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny. Ročný výkaz o neverejných poskytovateľoch sociálnych služieb za rok 2021. Sprístupnené na: https://www.mpsvr.sk/files/slovensky/ministerstvo/analyticke-centrum/vyplnene/v7/v-mpsvr-sr-7-01_2021_oprava.pdf
Ministerstvo práce, sociálnych vecí a rodiny. Sumár ročných výkazov o vybraných druhoch sociálnych služieb. Sprístupnené na: https://www.employment.gov.sk/sk/ministerstvo/vyskum-oblasti-prace-socialnych-veci-institut-socialnej-politiky/v10/
Vzdelanie získané v súkromných a cirkevných školách sa môže poskytovať za úhradu. Neštátne školy na Slovensku sú povinné:
- dodržiavať platnú školskú legislatívu a
- štátom stanovené vzdelávacie programy (kurikulum).
Neštátne školy sú spolufinancované štátom − dostávajú rovnaké finančné prostriedky zo štátneho rozpočtu, ako štátne školy (normatívne financovanie na žiaka – viac v kapitole Financovanie predškolského a školského vzdelávania).
Štát im tak rovnako ako verejným školám financuje mzdy zamestnancov, prevádzku, asistentov učiteľa, nákup učebníc, dopravu, lyžiarske výcviky, školu v prírode, krúžky a podobne. A po novom teda aj kapitálové výdavky. Pri súkromných školách zároveň platí, že prostriedky na kapitálové výdavky môžu použiť len na obstaranie hnuteľného majetku.
Kontrolu použitia štátnych príspevkov neštátnymi školami majú na starosti regionálne školské úrady. Zákon o financovaní škôl (zákon č. 597/2003 Z. z. o financovaní základných škôl, stredných škôl a školských zariadení) tiež hovorí, že podmienkou na pridelenie finančných prostriedkov pre cirkevné aj súkromné školy na nasledujúci kalendárny rok je vypracovanie správy o hospodárení školy za predchádzajúci rok.
Všetky neštátne školy zaradené do siete škôl a školských zariadení Slovenskej republiky, podliehajú pravidelnému hodnoteniu a kontrole zo strany Štátnej školskej inšpekcie (viac v kapitole Zabezpečovanie kvality v predškolskom a školskom vzdelávaní).
Zriaďovateľom neštátnej školy môže byť právnická alebo fyzická osoba. Zriadiť neštátnu školu môže zriaďovateľ až na základe vydaného rozhodnutia ministerstvom o súhlase zriadenia takéhoto subjektu, ktorému predchádzalo zo strany zriaďovateľa splnenie podmienok. Právnickou osobou môžu byť napr. rôzne občianske združenia, s.r.o., neziskové organizácie alebo najnovšie aj podnikové školy ako stredné odborné školy zriadené právnickou osobou. Cieľom je lepšie prepojenie teoretického vyučovania s praxou, kedy už počas štúdia žiaci majú zaručené pracovné miesto po jeho skončení u zamestnávateľa v rámci duálneho vzdelávania.
Zriaďovateľom cirkevnej školy alebo cirkevného školského zariadenia môže byť štátom uznaná cirkev alebo náboženská spoločnosť. Osobitosti o organizácii a riadení rímskokatolíckych škôl a školských zariadení zriadených Katolíckou cirkvou určuje Zmluva č. 394/2004 Z.z. medzi Slovenskou republikou a Svätou stolicou o katolíckej výchove a vzdelávaní. Postavenie, organizáciu a činnosť ostatných cirkevných škôl zriadených inými registrovanými cirkvami a náboženskými spoločnosťami podobne určuje Dohoda č. 395/2004 Z.z. medzi Slovenskou republikou a registrovanými cirkvami a náboženskými spoločnosťami o náboženskej výchove a vzdelávaní.
Počet škôl a žiakov v školskom roku 2022/23 podľa zriaďovateľa
| Druh zariadenia | Štátne | Súkromné | Cirkevné | Spolu | ||||
| školy | žiaci | školy | žiaci | školy | žiaci | školy | žiaci | |
| materské školy | 2 795 | 161 421 | 246 | 10 664 | 114 | 6 609 | 3 155 | 178 694 |
| základné školy | 1 849 | 445 124 | 93 | 14 405 | 118 | 29 658 | 2 060 | 489 187 |
| základné umelecké školy | 201 | 111 271 | 173 | 71 657 | 11 | 5 655 | 385 | 188 583 |
| jazykové školy | 24 | 10 675 | 13 | 8 679 | 1 | 85 | 38 | 19 439 |
| gymnáziá a športové stredné školy | 143 | 56 012 | 40 | 5 847 | 50 | 11 970 | 233 | 73 829 |
| konzervatóriá | 6 | 1 661 | 10 | 1 123 | 1 | 192 | 17 | 2 978 |
| stredné odborné školy | 321 | 105 640 | 71 | 14 541 | 20 | 4 189 | 412 | 124 370 |
| stredné školy ostatných ministerstiev | 3 | 528 | - | - | - | - | 3 | 528 |
Zdroj: CVTI SR. 2023. Štatistická ročenka - súhrnné tabuľky. Dostupné na: https://www.cvtisr.sk/buxus/docs//JC/ROCENKA/SUH/suh2023.zip
V roku 1994 vznikla Asociácia pracovníkov súkromných škôl ako prirodzené vyústenie predchádzajúcich neformálnych stretávaní sa riaditeľov a zriaďovateľov súkromných škôl. Je apolitická nezávislá nezisková mimovládna organizácia, ktorá združuje zriaďovateľov a riaditeľov súkromných škôl a školských zariadení, chráni a obhajuje rovnoprávne postavenie súkromných škôl a školských zariadení ako legitímnu súčasť vzdelávacej sústavy na Slovensku.
Hlavnými cieľmi Asociácie je
- podporovať vznik a rozvoj súkromných škôl a školských zariadení,
- prezentovať a presadzovať názory Asociácie voči riadiacim orgánom v oblasti školského systému a iným inštitúciám ako aj širokej verejnosti,
- propagovať existenciu súkromných škôl a rozvíjať zahraničné styky s podobnými organizáciami.
Asociácia je významných partnerom pre ministerstvo školstva v tvorbe koncepčných, strategických a legislatívnych materiálov.
Zákon č 131/2002 o vysokých školách ustanovuje, že súkromná vysoká škola dostáva oprávnenie na pôsobenie formou štátneho súhlasu, ktorý jej udeľuje vláda. V roku 2001 tak ako prvá vznikla Vysoká škola manažmentu v Trenčíne.
V súčasnosti na Slovensku pôsobí 10 súkromných a 6 zahraničných vysokoškolských inštitúcií. Zoznam vysokých škôl je dostupný na web sídle ministerstva školstva.
Čo sa týka implementácie vzdelávania v súkromných univerzitách nie sú rozdiely medzi verejným a súkromným vysokoškolským sektorom.