Školský systém na Slovensku možno charakterizovať do určitej miery ako centralizovaný. Podstatnú časť vzdelávacích politík a kurikula vytvárajú štátne orgány (t. j. Ministerstvo školstva, výskumu, vývoja a mládeže Slovenskej republiky a ním zriadené inštitúcie). Napriek tomu, zriaďovateľmi škôl a školských zariadení sú orgány regionálnej a lokálnej samosprávy, ktorých kompetencie sú vymedzené zákonom. 

Do roku 1990 prebiehalo riadenie školstva na centrálnej úrovni. Prvé konkrétne zmeny v oblasti decentralizácie nastali po prijatí zákona č. 596/2003 Z. z. o  štátnej správe v školstve a školskej samospráve. Tento zákon vymedzil pôsobnosť, organizáciu a úlohy orgánov štátnej správy v školstve, obcí, samosprávnych krajov a orgánov školskej samosprávy Vytvoril tým podmienky pre pluralitný rozvoj školstva a podmienky na posilnenie samostatnosti škôl.

Podľa tohto zákona štátnu správu na úseku škôl a školských zariadení vykonávajú:

• riaditeľ školy alebo školského zariadenia,
• obec,
• samosprávny kraj,
• regionálny úrad školskej správy,
• Štátna školská inšpekcia,
• Ministerstvo školstva, výskumu, vývoja a mládeže Slovenskej republiky,
• iné ústredné orgány štátnej správy (policajné školy alebo školy požiarnej ochrany zriadené Ministerstvom vnútra Slovenskej republiky)

Školskú samosprávu podľa tohto zákona vykonávajú:

• rada školy alebo rada školského zariadenia,
• obecná školská rada,
• územná školská rada,
• školský parlament

Základné riadenie na centrálnej úrovni

Na centrálnej úrovni výkon štátnej správy na úseku školstva zabezpečuje Ministerstvo školstva, výskumu, vývoja a mládeže Slovenskej republiky, ako ústredný orgán štátnej správy.

Ministerstvo školstva, výskumu, vývoja a mládeže Slovenskej republiky je ústredným orgánom štátnej správy pre materské školy, základné, stredné a vysoké školy, školské zariadenia, celoživotné vzdelávanie, vedu a techniku, pre štátnu starostlivosť o  mládež a šport.

Ministerstvo v rozsahu svojej pôsobnosti zriaďuje rozpočtové organizácie a príspevkové organizácie, kontroluje a hodnotí ich činnosť. Ministerstvo riadi školy a školské zariadenia na území Slovenskej republiky prostredníctvom všeobecne záväzných pravidiel. Poskytovaním odborného poradenstva zriaďovateľom spravuje sieť škôl a školských zariadení v Slovenskej republike.

V pôsobnosti ministerstva sú rozpočtové a príspevkové organizácie zriadené zákonom

• Štátna školská inšpekcia
• Agentúra na podporu výskumu a vývoja
• Slovenský historický ústav v Ríme
• Antidopingová agentúra
• Regionálny úrad školskej správy v Prešove
• Regionálny úrad školskej správy v Košiciach
• Regionálny úrad školskej správy v Banskej Bystrici
• Regionálny úrad školskej správy v Žiline
• Regionálny úrad školskej správy v Trenčíne
• Regionálny úrad školskej správy v Nitre
• Regionálny úrad školskej správy v Trnave
• Regionálny úrad školskej správy v Bratislave 

Príspevkové a rozpočtové organizácie zriadené ministerstvom:

Centrum vedecko-technických informácií SR

Je národným informačným centrom pre vedu, techniku, inovácie a vzdelávanie a vedeckou knižnicou Slovenskej republiky. Koordinuje činnosť a zabezpečuje prevádzku interdisciplinárnych výskumno-vývojových centier a národných infraštruktúr pre výskum, vývoj, inovácie a vzdelávanie. Vykonáva správu informačného systému rezortu školstva.

Domov Speváckeho zboru slovenských učiteľov

je vzdelávacie a rekreačné zariadenia najmä pre zamestnancov rezortu školstva.

Národný inštitút vzdelávania a mládeže

Je zriadený najmä na plnenie úloh v oblasti predprimárneho, základného, stredného, špeciálneho a inkluzívneho, základného umeleckého, jazykového, záujmového vzdelávania, v oblasti celoživotného vzdelávania a práci s mládežou, v oblasti monitoringu vzdelávania, tvorby pedagogických dokumentov, učebných plánov a učebných osnov, pedagogického výskumu, metodiky vyučovania a tvorbou didaktických a metodických materiálov pre školy a školské zariadenia.

Štátny inštitút odborného vzdelávania 

Je zriadený najmä na koordináciu odborného vzdelávania a prípravy a vzdelávania dospelých na Slovensku. Podporuje rozvoj národných politík v oblasti vzdelávania, pomáha zavádzať nové trendy a inovácie v odbornom vzdelávaní a príprave a vzdelávaní dospelých. Jeho aktivity  sa zameriavajú na žiakov, pedagogických aj odborných zamestnancov a potreby zamestnávateľov.

Výskumný ústav detskej psychológie a patopsychológie 

Zaoberá sa komplexným skúmaním psychického vývinu a osobnostného rozvoja detí v norme i patológii, skúma činitele a podmienky vývinu, možnosti jeho optimalizácie v rodine, škole i ďalších zariadeniach a inštitúciách, vytvára a aktualizuje štandardy odborných a odborno-metodických činností, vytvára odborné materiály, realizuje vzdelávania pre pedagogických a odborných zamestnancov v systéme poradenstva a prevencie a školských výchovných zariadeniach.

Národné športové centrum 

Je zriadený na zabezpečenie všeobecnej starostlivosti o športovcov s cieľom zvýšiť ich športovú výkonnosť, zvýšiť vedomostnú úroveň športovcov, trénerov, rozhodcov a športových funkcionárov, diagnostikovať žiakov v oblasti športovej výkonnosti.

Výskumná agentúra 

Zabezpečuje proces implementácie pomoci z európskych štrukturálnych a investičných fondov EÚ. 

Základné riadenie na regionálnej úrovni

Na regionálnej úrovni štátnu správu na úseku  škôl a školských zariadení vykonávajú regionálne úrady školskej správy, samosprávne kraje a obce.

Zákon udáva dve formy kompetencií územnej samosprávy (t.j. obcí a samosprávnych krajov):

• prenesený výkon štátnej správy a
• výkon územnej samosprávy (tzv. samosprávne kompetencie).

Regionálny úrad zriaďuje a zrušuje školy a školské zariadenia vo svojej zriaďovateľskej kompetencii, vykonáva kontrolu obcí a samosprávnych krajov v oblasti školstva,spracúva podklady na štatistické spracovanie údajov o výchove a vzdelávaní v školách a v školských zariadeniach v jeho územnej pôsobnosti, metodicky riadi školy vo svojej územnej pôsobnosti, organizačne a finančne zabezpečuje jazykové kurzy detí cudzincov.

Samosprávny kraj vytvára podmienky na výchovu a vzdelávanie a na plnenie povinnej školskej dochádzky v stredných školách, podmienky na zabezpečenie výchovy a vzdelávania detí a žiakov so zdravotným znevýhodnením a detí a žiakov s nadaním v školách a v školských zariadeniach, ktorých je zriaďovateľom.

Na lokálnej úrovni je štátna správa školstva zabezpečovaná prostredníctvom obcí a vyšších územných celkov, ktoré zabezpečujú činnosti vyplývajúce z ich zriaďovateľských kompetencií.