De erkenningsvoorwaarden zijn voor alle secundaire scholen identiek. Een van die voorwaarden is “de onderwijsstructuur aannemen die bij decreet is bepaald”. In die zin bestaan er in het Vlaamse onderwijssysteem geen ongebruikelijke variaties of alternatieve structuren in het secundair onderwijs in de publieke sector.

Curricula en overeenkomstige doelen zijn voor bepaalde opleidingen deels gemeenschappelijk en deels, in functie van de finaliteit, verschillend. De minimum-onderwijsdoelen worden door de overheid bepaald. De onderwijsinrichters kunnen daar eigen doelen aan toevoegen. Een schoolbestuur kan om pedagogische of onderwijskundige redenen een gelijkwaardigheid aanvragen voor zelf ontwikkelde onderwijsdoelen ter vervanging van de onderwijsdoelen die de overheid heeft vastgelegd. In elk geval ligt de beslissingsbevoegdheid voor onderwijsdoelen van de overheid of vervangende onderwijsdoelen altijd bij het Vlaams Parlement. Op andere terreinen gaat de autonomie van schoolbesturen veel verder, o.a. wat betreft de leerlingenbegeleiding en de leerlingenevaluatie.

Een zeer beperkt aantal scholen dragen een specifiek predicaat nl. “topsportscholen”. Er moet worden verduidelijkt dat dit scholen voor gewoon secundair onderwijs zijn die binnen hun opleidingsaanbod een of meer topsportopleidingen hebben. De gemeenschappelijke onderwijsdoelen zijn eveneens op topsportopleidingen van toepassing maar de curricula waarbinnen deze doelen en de eigen doelen worden gerealiseerd, kennen een grotere flexibiliteit inzake onderwijsorganisatie (zo zijn er minder contacturen en ligt er dus een grotere focus op zelfstudie.