Pagrindinio ugdymo programos pradeda mokytis mokiniai, pabaigę pradinio ugdymo programą. Pagrindinio ugdymo programa trunka 6 metus. Privaloma pagrindinio ugdymo programa sudaryta iš dviejų dalių. I-oji dalis yra ketverių metų ir ji yra įgyvendinama 5-8 klasėse. Il-oji dalis yra dvejų metų. Ji yra įgyvendinama 9-10 (gimnazijos I-II) klasėse.

Nacionalinis pagrindinio ugdymo turinys aprašytas šiuose nacionaliniuose dokumentuose, kuriuos tvirtina švietimo, mokslo ir sporto ministras:

• Pradinio, pagrindinio ir vidurinio ugdymo programų aprašas, nustatantis pradinio, pagrindinio ir vidurinio ugdymo programų sandarą ir numato pagrindinius programų įgyvendinimo bruožus.
• Priešmokyklinio, pradinio, pagrindinio ir vidurinio ugdymo bendrosios programos, kuriose aprašyti pagrindinio ugdymo tikslai, rezultatai, mokinių pasiekimų ir pažangos vertinimas, įgyvendinimo ypatumai. 
• Atskirų dalykų bendrosios programos, kuriose nurodoma dalyko paskirtis, ugdymo tikslas ir uždaviniai.

Mokykla pagal ugdymo programas rengia savo ugdymo planą. Mokyklos ugdymo plane aprašomas ugdymo turinio įgyvendinimas, pateikiami sprendimai, kaip organizuojamas ugdymo procesas, mokinių pažangos vertinimas ir t.t. 

Mokyklos ugdymo plane, atsižvelgiant į mokyklos kontekstą, mokinių amžiaus grupes, sąlygas ugdymo procesui organizuoti, aprašomi mokyklos priimti sprendimai ugdymo procesui organizuoti. Šiame plane siūloma numatyti ugdymo proceso organizavimo kalendorių, užsienio kalbų, dalyko modulių, pasirenkamų dalykų, neformaliojo švietimo programų pasiūlą, mokymosi ir švietimo pagalbos teikimą, kitus aktualius klausimus, pvz. dėl vertinimo tvarkos, mokiniams teikiamų užduočių į namus apimties, ugdymo ne mokyklos aplinkose organizavimo ir kt.

Ugdymo planą rengia mokyklos vadovo sudaryta darbo grupė. Jai vadovauja pats vadovas arba jo įgaliotas asmuo. Mokyklos ugdymo planą tvirtina mokyklos vadovas, suderinęs su mokyklos taryba ir institucija, turinčia savininko teises.

Bendrosiose ugdymo programose dalyko turinys pateikiamas dvejiems metams. Mokykla pati apsisprendžia, kaip ugdymo plane skirstyti dalyko turinį. Ugdymo planas gali būti vieneriems arba dvejiems metams. Ugdymo plane nurodomi privalomi ugdymo dalykai ir pasirenkamieji dalykai, dalykų moduliai.

Pagrindinio ugdymo programą sudaro šios ugdymo sritys:

• dorinis ugdymas (etika, tikyba);
• kalbinis ugdymas (lietuvių kalba ir literatūra, gimtosios kalbos (baltarusių, lenkų, rusų, vokiečių), užsienio kalbos);
• matematinis, gamtamokslinis ir technologinis ugdymas (matematika, informatika, gamtos mokslai, biologija, chemija, fizika, technologijos); 
• visuomeninis ugdymas (etninė kultūra, istorija, geografija, pilietiškumo pagrindai, ekonomika ir verslumas);
• meninis ugdymas (dailė, muzika);
• fizinis ir sveikatos ugdymas (fizinis ugdymas, gyvenimo įgūdžiai, socialinė-pilietinė veikla)

Pažintinė, kultūrinė, meninė, kūrybinė veikla (toliau - pažintinė kultūrinė veikla) yra privaloma, sudėtinė ugdymo proceso veiklos dalis. Mokykla atsižvelgia į bendrosiose programose numatytą turinį, pasiekimus ir mokinių amžių ir priima sprendimą, kiek pamokų per mokslo metus skirs šiai veiklai. Privalomai socialinei-pilietinei veiklai skiriama  20 valandų (pamokų) per mokslo metus.

 Pamokų skaičius pagrindinio ugdymo programai įgyvendinti grupinio mokymosi forma kasdieniu ir nuotoliniu mokymo proceso organizavimo būdu per mokslo metus ir per savaitę

Pastabos:

* mokyklose, kuriose įteisintas mokymas tautinių mažumų kalbos arba tautinės mažumos kalba;

**  pirmajai ir antrajai užsienio kalbai nurodytas bendras pamokų skaičius;

***  gamtos mokslų dalyką „Gamtos mokslai“ galima rinktis įgyvendinti 5–8 klasėse arba tik 5–6 klasėse;

****  

Siekdamas bendrųjų ugdymo tikslų, mokytojas turi visišką laisvę pasirinkti tinkamus ugdymo metodus ir priemones, susidaryti jų derinius, kurtis autentišką darbo stilių. Tai daroma atsižvelgiant į realią situaciją: mokinių poreikius ir galimybes, paties mokytojo gebėjimus ir savybes, kintantį sociokultūrinį kontekstą. Mokytojas turi teisę siūlyti savo individualias programas, pasirinkti pedagoginės veiklos būdus ir formas.

Švietimo, mokslo ir sporto ministro patvirtinti švietimo aprūpinimo standartai (šiuo metu galioja 2011 m. patvirtinti Švietimo aprūpinimo standartai, tačiau 2024 m. buvo patvirtintas naujas Švietimo aprūpinimo standartas, kurį mokyklos privalo atitikti nuo 2028 m. rugsėjo 1 d.) nustato minimalius reikalavimus mokyklų materialinei aplinkai ir mokyklos skaitmeninei infrastruktūrai. Svarbu užtikrinti, kad mokiniai įgytų žinių, gebėjimų bei ugdytųsi reikalingas kompetencijas, pasitelkdami šiuolaikiškas ir mokslu grįstas mokymo(si) priemones ir įrangą, turėtų galimybes pritaikyti teorines žinias praktikoje, mokytųsi tyrinėdami, atlikdami ne tik teorines, bet ir praktines užduotis.

Mokymo priemonės skirstoms į 4 tipus: 

• mokymo priemonės – tik mokymui skirtos priemonės, modeliai, kortelės, edukaciniai žaidimai, plakatai ir pan.; 
• daiktai ir (ar) įranga – įvairi universali įranga, kuri gali būti naudojama ne tik mokymo tikslams, pavyzdžiui, kaitlentės, staklės, universalūs mikroskopai, stovai, mėgintuvėliai, sporto salių įranga ir pan.; 
• ugdymo procesui reikalinga literatūra – žodynai, žurnalai ir pan.; 
• medžiagos – mokslo ir mokymo tikslams skirtos medžiagos, kurios gali būti naudojamos tik vieną kartą.

Bendrosios programos suteikia mokykloms ir mokytojams realią galimybę įsitraukti į ugdymo turinio kūrimą. Tai yra, pritaikyti ugdymo turinį ir metodus klasės ir individualiems moksleivių poreikiams ir galioms, derinti su mokyklos keliamais tikslais, mokytojo turima patirtimi ir ištekliais. Individualūs mokymo metodai taikomi dirbant su gabiaisiais ir mokymosi sunkumų patiriančiais mokiniais. 

Mokytojai taiko tokius mokymo metodus, kurie ugdo mokinių aktyvumą, savarankiškumą, kritinį ir kūrybinį mąstymą, konstruktyvumą, gebėjimą spręsti problemas, orientuotis aplinkoje, atsakingai veikti.

Mokykla, rengdama individualų ugdymo planą mokiniui gali planuoti specialiąsias pamokas ir (ar) didinti pamokų, skirtų ugdymo sričiai / dalykų grupei, socialinei veiklai, ugdymui profesinei karjerai, medijų ir informaciniam raštingumui ir sveikatos ugdymui, skaičių, keisti pamokų trukmę, dienos ugdymo struktūrą, formuoti nuolatines ar laikinąsias grupes, pogrupius iš tų pačių ar skirtingų klasių mokinių.

Specialiųjų ugdymosi poreikių turintiems mokiniams mokytojai pritaiko bendrąsias programas pagal jų gebėjimus ir galias, prireikus jas individualizuoja.