Trečiosios pakopos studijos vykdomos mokslo ir meno doktorantūroje. 

Mokslo doktorantūros paskirtis –  rengti mokslininkus, kurie gebėtų savarankiškai atlikti mokslinių tyrimų bei eksperimentinės plėtros darbus ir spręsti mokslo problemas. Mokslo doktorantūros teisę universitetams ir universitetams kartu su mokslinių tyrimų institutais, kuriuose atliekami mokslo kryptį atitinkantys aukšto lygio moksliniai tyrimai, arba universitetams kartu su užsienio mokslo ir studijų institucijomis suteikia Švietimo, mokslo ir sporto ministras, įvertinęs Lietuvos mokslo tarybos siūlymus. Teisė suteikiama remiantis į mokslo doktorantūrą pretenduojančių institucijų atitinkamo mokslo krypties mokslinių tyrimų lygio įvertinimu. Disertaciją apgynusiems asmenims suteikiamas mokslo daktaro laipsnis.

Meno doktorantūros paskirtis – rengti tyrėjus menininkus, kurie gebėtų kurti, interpretuoti ir plėtoti meno praktika pagrįstus tyrimus. Meno doktorantūros teisę universitetams suteikia Švietimo, mokslo ir sporto ministras, įvertinęs Lietuvos mokslo tarybos siūlymus. Teisė suteikiama remiantis į meno doktorantūrą pretenduojančios institucijos meno ir mokslinės veiklos lygio įvertinimu. Meno projektą apgynusiems asmenims suteikiamas meno daktaro laipsnis.

Mokslo daktaro laipsnis gali būti suteikiamas asmeniui, kuris sėkmingai baigė nuolatinės (iki 4 metų) arba ištęstinės (iki 6 metų) formos doktorantūrą, parengė disertaciją ir ją apgynė, arba asmeniui, kuris apgynė eksternu parengtą disertaciją. Bendra mokslo doktorantūros studijų apimtis – ne mažiau kaip 30 ECTS kreditų.

Mokslo doktorantūros teisę universitetui arba universitetui su kitais Lietuvos ir (ar) užsienio šalių universitetais ir (ar) mokslinių tyrimų institutais, kuriuose atliekami aukšto lygio moksliniai tyrimai, suteikia Švietimo, mokslo ir sporto ministras, vadovaudamasis Mokslo doktorantūros nuostatais.

Lietuvos mokslo taryba ne rečiau kaip kas 5 metai pagal Lietuvos mokslo tarybos nustatytą tvarką organizuoja institucijos (institucijų) vykdomos doktorantūros kokybės ir efektyvumo vertinimą ir teikia vertinimus ir siūlymus Švietimo, mokslo ir sporto ministrui. 

Disertaciją apgynusiam asmeniui mokslo laipsnį suteikia ir diplomą išduoda doktorantūros teisę turintis Lietuvos universitetas (niversitetai).

Meno daktaro laipsnis gali būti suteikiamas asmeniui, kuris sėkmingai baigė (paprastai 4 metų trukmės) doktorantūros studijas, parengė ir apgynė meno projektą, arba asmeniui, kuris išlaikė doktorantūroje numatytus egzaminus ir apgynė parengtą meno projektą.  Meno doktorantūra apima tam tikros meno srities krypties studijas (dalykų studijų apimtis – ne mažesnė kaip 40 studijų kreditų), meninę-kūrybinę veiklą (apimtis – ne mažesnė kaip 80 studijų kreditų) ir meninius arba meninius ir mokslinius tyrimus (apimtis – ne mažesnė kaip 80 studijų kreditų), visa doktorantūros apimtis turi sudaryti 240 kreditų.

Meno doktorantūros teisę universitetui (universitetams) suteikia Švietimo, mokslo ir sporto ministras, vadovaudamasis Meno doktorantūros nuostatais. Teisė suteikiama remiantis į doktorantūrą pretenduojančių universitetų atitinkamos meno krypties, įskaitant meninius tyrimus, ir menotyros mokslo krypties lygio, pateiktų doktorantūros, studijų infrastruktūros dokumentų, numatomų bendradarbiavimo susitarimų dėl doktorantūros su Lietuvos ir (ar) užsienio mokslo ir studijų institucijomis įvertinimu.

Ne rečiau kaip kas 5 metai Lietuvos mokslo taryba  organizuoja meno doktorantūros kokybės ir efektyvumo vertinimą ir teikia siūlymus Švietimo, mokslo ir sporto ministerijai dėl doktorantūros tęstinumo.

Priimant į trečiosios pakopos studijas turi būti atsižvelgiama į žemesnės arba tos pačios pakopos studijų rezultatus ir aukštosios mokyklos nustatytus kitus kriterijus.

Studijuojantys doktorantūros studijose turi studento statusą. Jie gauna studento pažymėjimą ir visas studentams taikomas valstybės garantijas bei paramą.

Studentai atlieka fundamentinius ir taikomuosius tyrimus, taikomąją mokslinę veiklą, dalyvauja šalies ir užsienio tyrimų programose. Aukštosiose meno mokyklose, be mokslinės veiklos, plėtojama dėstytojų ir studentų meninė veikla, orientuota į visuomenės meninį lavinimą bei meno praktikos ir studijų vienovę.

Vadovėlius ir kitas mokymo priemones studentai perka arba naudojasi aukštųjų mokyklų bibliotekose esančiais fondais.

Studentų vertinimas vyksta pagal kiekvienos aukštosios mokyklos doktorantūros nuostatų (reglamento) nustatytą tvarką.

Studentų perėjimo į aukštesnį kursą sąlygas nustato kiekviena aukštoji mokykla savo studijų reglamentu. Nepažangūs studentai gali būti šalinami iš aukštosios mokyklos pagal jos nustatytą tvarką.

Baigus doktorantūrą ir apgynus daktaro disertaciją, išduodamas mokslo (meno) laipsnį liudijantis diplomas.

Dauguma Lietuvos aukštųjų mokyklų turi įsteigę savo karjeros centrus, kurie teikia studentams įvairias bendro pobūdžio ir individualias konsultacijas, vykdo įvairius mokymus įsidarbinimo klausimais, padeda susirasti praktikos vietą, o vėliau ir darbą, o darbdaviams – darbuotojus. Panašias paslaugas teikia Užimtumo tarnybos padaliniai, kurie teikia atviro informavimo, konsultavimo, profesinio informavimo ir orientavimo paslaugas jaunimui, bendradarbiauja su darbo rinkos ir socialiniais partneriais, vykdo projektinę veiklą jaunimo užimtumo iniciatyvų skatinimo srityje, organizuoja įvairius užsiėmimus (darbo klubus, mokymus), rengia informacinę ir metodinę medžiagą.