Magistrantūros studijų programos skiriamos pasirengti savarankiškam mokslo (meno) darbui arba kitam darbui, kurį atlikti reikia mokslo žinių ir analitinių gebėjimų. Magistrantūros studijos vyksta universitetuose, kuriuose vykdoma studijų kryptį atitinkanti mokslo (meno) veikla. Asmenims, baigusiems magistrantūros studijų programas, suteikiamas atitinkamos studijų krypties magistro laipsnis. 

Magistrantūros studijų programos gali būti įvairaus pobūdžio, tačiau jos turi atitikti universiteto profilį, asmens individualius akademinius (kūrybinius) gebėjimus ir darbo rinkos poreikius. Magistrantūros studijų programos pobūdis turi būti nurodomas ir pagrindžiamas magistrantūros studijų programos apraše. Kiekvienos magistrantūros studijų programos apraše studijų tikslus privalu aiškiai suformuluoti ir susieti su asmens, baigusio studijas pagal tą programą, įgyjamais studijų rezultatais (žiniomis, gebėjimais ir įgūdžiais). Iš studijų tikslų ir absolvento kompetencijos formulavimo turi atsiskleisti studijų programos pobūdis. Studijuojamų dalykų tikslai ir turinys, studijų metodai, reikalavimai stojantiesiems pagrindžiami magistrantūros studijų programos tikslais. 

Magistrantūros studijų programos pedagoginio ir mokslinio personalo kvalifikacija, materialioji studijų bazė turi būti pakankama studijų programos tikslams pasiekti.  Ne mažiau kaip 80 procentų magistrantūros dėstytojų turi turėti mokslo (meno) laipsnį (būti pripažinti menininkai). Kiti gali būti praktikai, per pastaruosius 7 metus įgiję ne trumpesnę kaip 3 metų dėstomus taikomuosius dalykus atitinkančią profesinės veiklos patirtį. Ne mažiau kaip 20 procentų krypties dalykų apimties turi dėstyti profesoriaus pareigas einantys dėstytojai. Kai vykdoma studijų programa, kuriai keliami tikslai, susiję su tarpkryptinėmis studijomis, greta pagrindinės krypties dalykų studijuojami ir kitos krypties dalykai, būtina universiteto patirtis abiejose studijų kryptyse. Ši patirtis turi būti įrodoma tame universitete parengtais ir mokslinėje ar profesinėje spaudoje paskelbtais straipsniais, atliktais ir sėkmingai įgyvendintais projektais, socialinių partnerių dalyvavimu sudarant studijų programas ir jas vykdant. 

Magistrantūros studijų programos, modulių ir atskirų dalykų apimtis nustatoma studijų kreditais ir turi būti vienoda nepriklausomai nuo studijų formos (nuolatinės, ištęstinės). Studijų būdai, studijų trukmė ir tvarkaraštis nustatomi atsižvelgiant į universiteto patvirtintus studentų saugos ir sveikatos reikalavimus, o ištęstinės studijų formos trukmė – ir į galimybę derinti studijas su kitu studentų užimtumu (darbovietėse, atliekant šeimines pareigas ir kt.).  Magistrantūros studijų programos apimtis gali būti 60, 90 arba 120 studijų kreditų.

 Studijų sritys

Studijos aukštosiose mokyklose vyksta 6 studijų srityse: medicinos ir sveikatos mokslai, gamtos mokslai, technologijos mokslai, socialiniai mokslai, humanitariniai mokslai, žemės ūkio mokslai ir menai. Studijų sritys yra skaidomos į krypčių grupes, šios į kryptis. Atskiras kryptis sudaro mokslo šakos. 

Priėmimo sąlygos

Teisę tęsti studijas magistrantūroje turi asmenys, baigę pirmosios pakopos kolegines ar  universitetines studijas ir atitinkantys universiteto nustatytus reikalavimus. Universitetas gali reikalauti ir papildomųjų studijų, jei pirmojoje pakopoje studijuota kitos studijų krypties studijų programa nei ta, pagal kurią ketinama studijuoti, arba asmuo po kolegijos baigimo neturi su studijų kryptimi susijusios profesinės patirties.

Magistrantūros studijų programos apimtis yra ne mažesnė kaip 90 ir ne didesnė kaip 120 ECTS studijų kreditų. Iš jų:

• ne mažiau kaip 60 ECTS studijų kreditų turi sudaryti krypties dalykai, kurie turinio požiūriu privalo būti kokybiškai aukštesnio probleminio ar inovacinio mokslinio lygmens, nei juos grindžiantys atitinkamo pažinimo lauko pirmosios studijų pakopos dalykai;
• ne daugiau kaip 30 ECTS studijų kreditų gali sudaryti universiteto nustatyti ir studento pasirenkami dalykai, priklausomai nuo studijų programos pobūdžio, skirti pasirengti doktorantūros studijoms (tiriamasis darbas (meno kūrinys)), praktinei veiklai (profesinės veiklos praktika) arba kitos krypties dalykams, kai vykdoma studijų programa, kuriai keliami tikslai susiję su tarpkryptinėmis studijomis, taip pat bendriesiems universitetinių studijų dalykams ir studento laisvai pasirenkamiems dalykams, būtiniems studijų programos tikslams pasiekti;
• ne mažiau kaip 30 ECTS studijų kreditų skiriama baigiamojo darbo rengimui ir gynimui arba baigiamajam darbui ir baigiamajam egzaminui (baigiamiesiems egzaminams, jeigu juos nustato Lietuvos ar tarptautiniai teisės aktai). 

Programa įgyvendinama per modulius (dalykus). Modulio (dalyko) studijos baigiamos egzaminu arba studento savarankiškai atlikto darbo (projekto) įvertinimu, priskiriant jį puikiam, tipiniam arba slenkstiniam studijų pasiekimų lygmeniui pagal aukštosios mokyklos patvirtintą ir viešai skelbiamą studentų studijų pasiekimų vertinimo tvarką. Baigiamasis darbas negali būti skaidomas dalimis.

Mokymo metodai

Kontaktinio darbo ir studento savarankiško darbo apimtį nustato aukštoji mokykla. Kontaktinio darbo (įskaitant nuotolinį) apimtis turi būti ne mažesnė kaip 10 procentų, o tiesiogiai dalyvaujant dėstytojams ir studentams (ne nuotolinis kontaktinis darbas) – ne mažiau kaip 5 procentai, studento savarankiško darbo apimtis turi būti ne mažesnė kaip 50 procentų.

Studijuojama taikant įvairius studijų metodus: paskaitas, pratybas, laboratorinius, projektavimo darbus, seminarus, studento savarankišką darbą, darbą bibliotekoje, grupines užduotis, mokslinį tiriamąjį darbą ir kt., bei visų šių metodų derinius. Studijos gali būti organizuojamos ir nuotoliniu būdu. Aukštųjų mokyklų dėstytojai gali taikyti įvairius dėstymo metodus. Studentams paskaitų metu dėstoma medžiaga ar paskaitų konspektai dažnai yra talpinami aukštosios mokyklos virtualioje aplinkoje. Informacinės technologijos yra plačiai taikomos ir diegiamos studijų procese. 

Studentai atlieka fundamentinius ir taikomuosius tyrimus, atlieka taikomąją mokslinę veiklą, dalyvauja šalies ir užsienio tyrimų programose. Aukštosiose meno mokyklose, be mokslinės veiklos, plėtojama dėstytojų ir studentų meninė veikla, orientuota į visuomenės meninį lavinimą bei meno praktikos ir studijų vienovę.

Vadovėlius ir kitas mokymo priemones studentai perka arba naudojasi aukštųjų mokyklų bibliotekose esančiais fondais. 

 Studentų perėjimas į aukštesnį kursą

Studentų perėjimo į aukštesnį kursą sąlygas nustato kiekviena aukštoji mokykla savo studijų reglamente. Nepažangūs studentai gali būti pašalinami iš aukštosios mokyklos jos nustatyta tvarka. 

Dauguma Lietuvos aukštųjų mokyklų turi įsteigę savo karjeros centrus, kurie teikia studentams įvairias bendro pobūdžio ir individualias konsultacijas, vykdo įvairius mokymus įsidarbinimo klausimais, padeda susirasti praktikos vietą, o vėliau ir darbą, o darbdaviams – darbuotojus. 

Panašias paslaugas Užimtumo tarnybos padaliniai, kurie teikia atviro informavimo, konsultavimo, profesinio informavimo ir orientavimo paslaugas jaunimui, organizuoja sąveiką su darbo rinkos ir socialiniais partneriais, vykdo projektinę veiklą jaunimo užimtumo iniciatyvų skatinimo srityje, organizuoja įvairius užsiėmimus (darbo klubus, mokymus), rengia informacinę – metodinę medžiagą. 

Studentų vertinimas vyksta kiekvienos aukštosios mokyklos studijų nuostatų (reglamento) nustatyta tvarka. Atskiruose universitetuose ar kolegijose ši tvarka gali skirtis, tačiau, apskritai galioja keli pagrindiniai vertinimo principai ir būdai. Studijų programa baigiama absolvento kompetencijos įvertinimu per baigiamojo darbo (projekto) gynimą ir  (ar) baigiamuosius egzaminus. 

Pagrindinis studijų rezultatų vertinimo būdas yra egzaminas. Daugelyje aukštųjų mokyklų egzaminų skaičius per sesiją yra ribojamas. Kai kurie dalykai gali būti vertinami įskaita, arba galutinis įvertinimas gaunamas taikant kaupiamąjį vertinimą. Kaupiamojo vertinimo tvarką pasirenka ir užduotis parengia dalyko dėstytojas. Egzamino (įskaitos) rezultatai ir rašto darbai vertinami pažymiais.  

Studentų žinios per egzaminus vertinamos nuo 1 iki 10 balų, o per įskaitas – įskaityta arba neįskaityta. Aukštoji mokykla gali nustatyti ir kitus vertinimo principus. Teigiamu įvertinimu laikomas įvertinimas ne mažesnis nei 5 balai. 

Baigus antrosios pakopos studijų programas išduodamas kvalifikacinį laipsnį liudijantis diplomas ir diplomo priedėlis (priedas). Diplomo priedėlis (priedas) yra neatskiriama diplomo dalis, diplomą papildantis dokumentas, kuriame nurodomas studijų programos pavadinimas ir informacija apie pasiektus studijų rezultatus.