Švietimo įstatyme formaliojo švietimo mokyklos skirstomos į grupes − bendrojo ugdymo mokyklos, profesinio mokymo įstaigos ir aukštosios mokyklos. Pagrindinį ugdymą teikia bendrojo ugdymo mokyklos − progimnazijos, pagrindinės mokyklos, gimnazijos. Jį taip pat gali teikti profesinio ugdymo mokyklos.

Pagrindinio ugdymo programas vykdo šių tipų bendrojo ugdymo mokyklos: progimnazijos, pagrindinės mokyklos, gimnazijos.

Progimnazija. Įprastai progimnazija vykdo pagrindinio ugdymo programos I-ąją dalį, skirtą 5-8 klasėms. Tačiau progimnazija gali apimti ir platesnę ugdymo programą, apimančią ne tik pagrindinį, bet ir pradinį ugdymą, skirtą 1-4 klasėms. Progimnazijos skirtos ne tik mokyklinio amžiaus vaikams, bet ir suaugusiems, nebaigusiems pradinio ir pagrindinio ugdymo programų.

Pagrindinė mokykla. Pagrindinė mokykla vykdo pagrindinio ugdymo programos I-ąją dalį, skirtą 5-8 klasėms, ir II-ąją dalį, skirtą 9-10 klasėms. Pagrindinė mokykla kaip ir progimnazija gali vykdyti ir platesnę ugdymo programą, apimančią pradinį ir pagrindinį ugdymą, t.y. skirtą 1-10 klasėms. Pagrindinės mokyklos taip pat yra skirtos ne tik mokyklinio amžiaus vaikams, bet ir suaugusiems, norintiems pabaigti ar įgyti pradinį ir pagrindinį išsilavinimą pagal suaugusiųjų pradinio ir pagrindinio ugdymo programas.

Gimnazija. Įprastai gimnazija vykdo antrąją pagrindinio ugdymo dalį, skirtą I-II gimnazijos klasėms, ir vidurinio ugdymo programą, skirtą III-IV gimnazijos klasėms. Tradiciškai gimnazijoje mokosi 15-18 metų mokiniai. Gimnazija žemiau nurodytais atvejais gali teikti platesnę ugdymo programą, apimančią ir pagrindinį ugdymą arba pradinį ir pagrindinį ugdymą:

• mokykla yra vietovėje, kurioje nėra kitų vidurinio ugdymo programą lietuvių ar (ir) tautinės mažumos kalba vykdančių bendrojo ugdymo mokyklų.
• Mokykla pagal nustatytus kriterijus yra priskirta miesto pakraščio mokyklai.
• Mokykla yra pasienio ruože.
• Mokykla yra nevalstybinė.
• Mokykla yra skirta šalies ar regiono mokiniams, turintiems specialiųjų ugdymosi poreikių.
• Mokykla vykdo specializuoto ugdymo krypties programą, kuriai reikalingas nuoseklumas, arba mokykla yra vienintelė gyvenamojoje vietovėje ir savo ugdymo programą grindžia savitos pedagoginės sistemos elementais.

Kaip ir kitų bendrojo ugdymo mokyklų tipų atveju yra gimnazijų, skirtų suaugusiems įgyti ar pabaigti pagrindinio ugdymo programos II-ąją dalį ir (arba) vidurinio ugdymo programą.

Profesinio mokymo mokykla. Nors ji nėra bendrojo ugdymo mokykla, taip pat gali vykdyti pagrindinio ugdymo programos II-ąją dalį. Taip mokiniai įgija profesinę kvalifikaciją ir pagrindinį išsilavinimą.

Demografinės priežastys ir gyventojų migracija verčia nuolat peržiūrėti mokyklų tinklą. Mokyklų tinklas Lietuvoje planuojamas pagal Vyriausybės patvirtintas Mokyklų, vykdančių formaliojo švietimo programas, tinklo kūrimo taisykles. Šiose taisyklėse nustatytos tinklo kūrimo nuostatos, procedūros, kaip rengiami bendrieji planai, steigiamos, reorganizuojamos, likviduojamos mokyklos. Mokyklų tinklas turi būti kuriamas siekiant teikti prieinamą geros kokybės privalomą ir visuotinį švietimą už protingą, tai yra, valstybei ir savivaldybėms pakeliamą kainą. Savivaldybės mokyklų tinklą tvarko savivaldybė. Savivaldybės gali bendradarbiauti, tvarkydamos savo mokyklų tinklus, tačiau kol kas tai nėra dažna praktika.

Siekiant sudaryti miesto ir kaimo vaikams lygias galimybes įgyti tinkamą išsilavinimą, organizuojamas nemokamas mokinių pavėžėjimas. Vadovaujantis įstatymais, į mokyklą ir atgal privalo būti vežami kaimuose bei miesteliuose toliau kaip 3 km nuo mokyklos gyvenantys mokiniai. Jie vežami į artimiausią atitinkamą ugdymo programą vykdančią mokyklą. Dalis mokinių vežiojami visuomeniniu, mokyklos ar privačiu transportu. Mokinys, turintis mokinio pažymėjimą, važiuoja mokinio pažymėjime nurodytu maršrutu nemokamai. Važiavimas kompensuojamas iš institucijos, turinčios mokyklos savininko statusą, lėšų.

Mokinys priimamas mokytis pagal pagrindinio ugdymo programą vadovaujantis švietimo,  mokslo ir sporto ministro įsakymu patvirtintais kriterijais. Konkrečią priėmimo tvarką nustato institucija, turinti savininko statusą.  Viešoji įstaiga „Mokausi Lietuvoje“ administruoja centralizuotą priėmimo sistemą į visas - ikimokyklinio, priešmokyklinio, pradinio, pagrindinio, vidurinio ugdymo, neformaliojo vaikų švietimo ir formalųjį švietimą papildančio ugdymo – programas. 

Įgiję pradinį išsilavinimą mokiniai pradeda mokytis pagal pagrindinio ugdymo programą. Ji trunka 6 metus (I-oji dalis – pirmus keturis, t. y. nuo 5 iki 8 klasės, II-oji – likusius dvejus, t. y. 9-10 klasės arba gimnazijos I-II klasės). Mokytis į 5 klasę asmuo priimamas, pateikęs pradinio išsilavinimo pažymėjimą ar kitą įgytą pradinį išsilavinimą liudijantį dokumentą. Jei asmuo baigė pradinio ugdymo individualizuotą programą, jis pateikia pradinio ugdymo pasiekimų pažymėjimą arba pažymą apie mokymosi pasiekimus.

• Į savivaldybės bendrojo ugdymo mokyklą mokytis pagal pagrindinio ugdymo programą  priimami mokiniai, gyvenantys mokyklai priskirtoje aptarnavimo teritorijoje. Priskirtą teritoriją nustato institucija, turinti savininko statusą. 

Mokykloje, sudaromos eilės vadovaujantis šiais kriterijais (kriterijai išdėstyti pagal prioritetą):

• pirmumo teise priimami įvaikinti vaikai, globotiniai, rūpintiniai;
• pirmumo teise priimami asmenys, dėl įgimtų ar įgytų sutrikimų turintys didelių ar labai didelių specialiųjų ugdymosi poreikių;
• pirmumo teise priimami asmenys, gyvenamąją vietą deklaravę savivaldybės suteiktame socialiniame būste;
• pirmumo teise priimami asmenys, kurių broliai ir (ar) seserys jau mokosi toje mokykloje;
• pirmumo teise priimami pedagoginių darbuotojų, dirbančių toje mokykloje, vaikai;
• pirmumo teise priimami savivaldybėje trūkstamų specialistų vaikai;
• asmenys, ilgiausiai gyvenantys ir gyvenamąją vietą deklaravę mokyklai priskirtoje aptarnavimo teritorijoje.

Jei savivaldybės mokyklai priskirta visa savivaldybės teritorija, mokytis pagal pagrindinio ugdymo programos antrąją dalį priimami asmenys, atsižvelgiant į jų:

• pageidavimą tęsti dalykų, dalykų modulių, kurių buvo pradėję mokytis pagal pagrindinio ugdymo programos I-ąją dalį, mokymąsi ir
• mokymosi pasiekimus (metinius įvertinimus, atliktus projektinius darbus, mokinio sukauptą darbų aplanką ar kitus mokymosi pasiekimų vertinimus).

Priimant į mokyklą negali būti vykdomi egzaminai, testai ar taikomi kiti žinių ir gebėjimų patikrinimo būdai, išskyrus kelis atvejus. Žinių patikrinimas gali būti taikomas tik tada, jei priimama mokytis į menų, dailės, sporto mokyklas bei turint atskirus institucijos, turinčios savininko statusą, ar jos įgalioto atstovo leidimus vykdyti mokinių priėmimą konkurso būdu.

Į  gimnaziją, įgyvendinančią atskirus savitos pedagoginės sistemos elementus  (pavyzdžiui, M. Montessori, Valdorfo, Š. Suzuki ir kt.), mokiniai priimami iš visos savivaldybės teritorijos atrankos būdu iš visos savivaldybės teritorijos, atsižvelgiant į motyvacijos mokytis joje įvertinimo rezultatus. Priimami į šias  gimnazijas  mokiniai, jų tėvai (globėjai, rūpintojai) supažindinami su pagrindiniais taikomais ugdymo principais, galimais ugdymo pasiekimų ir programų nesutapimais, kitomis tėvams (globėjams, rūpintojams) ir mokiniams svarbiomis ugdymo turinio ir proceso ypatybėmis. Jei norinčiųjų yra daugiau nei laisvų vietų, vertinama mokinių ir tėvų (globėjų, rūpintojų) motyvacija mokytis tokioje mokykloje.

Pagrindinis ugdymas teikiamas mokiniams nuo 10–11 iki 16–17 metų pagal pagrindinio ugdymo 6 metų programą (pagrindinio ugdymo I-oji dalis 5–8 klasėms ir pagrindinio ugdymo programos II-oji dalis 9–10 klasėms, gimnazijos I–II klasėms). Klasė prilyginama vieneriems mokymosi metams. Vienoje klasėje mokosi to paties amžiaus mokiniai, nors gali būti maždaug vienerių metų skirtumas (priklauso nuo to, kelerių metų mokinys pradėjo lankyti mokyklą – 6 ar 7 metų).

Vadovaujantis teisės aktais, klasėje, kurioje mokoma pagal pagrindinio ugdymo programą, turi būti ne daugiau kaip 30 mokinių. Konkrečios klasės dydis taip pat priklauso nuo vietovės (gyvenvietė ar savivaldybės centras), mokyklos tipo ir mokyklos dydžio.

Mokinys, turintis įgimtų ar įgytų sutrikimų (pavyzdžiui, mokinys yra sutrikusio intelekto, turi klausos negalią ir pan.), dėl kurių kyla specialieji ugdymosi poreikiai, mokomas integruotai bendrojo ugdymo klasėje. Tokiu atveju mokinys prilyginamas dviem tos klasės, kurioje mokosi, mokiniams. Todėl atitinkamai mažinamas didžiausias nustatytas klasės mokinių skaičius.

Mokyklos ugdymo turiniui įgyvendinti klasė gali būti dalijama į grupes arba sudaromos laikinosios (mobiliosios) grupės konkretiems dalykams mokyti. Tai yra:

• doriniam ugdymui, jei tos pačios klasės mokiniai pasirinkę tikybą ir etiką.
• informatikos, inžinerinių technologijų, taikomųjų technologijų, technologijų dalykams mokyti, gamtos mokslų tiriamiesiems darbams atlikti, atsižvelgiant į darbo vietų kabinetuose, laboratorijose skaičių.
• Užsienio kalboms (1-ajai ir 2-ajai) ir lietuvių kalbai (valstybinei), jei klasėje mokosi ne mažiau kaip 21 mokinys.

Mokslo metai organizuojami vadovaujantis švietimo ir mokslo ministro patvirtintais konkrečių metų pradinio, pagrindinio ir vidurinio ugdymo programų bendraisiais ugdymo planais. 

Mokslo metai prasideda einamųjų metų rugsėjo 1 d., baigiasi rugpjūčio 31 d. Ugdymo proceso trukmė 180 ugdymo dienų.

Mokiniams mokslo metų eigoje yra skiriamos rudens, žiemos (Kalėdų), žiemos ir pavasario (Velykų) atostogos. Šių atostogų metu mokyklos personalas dirba. Bendra atostogų trukmė – ne daugiau nei 17 ugdymo dienų. Į atostogų trukmę neįskaičiuojamos švenčių dienos. Rekomenduojama atostogas skirti mokiniams ne rečiau kaip kas 7–8 ugdymo savaites. Atostogų datą nustato mokyklos vadovas. Vasaros atostogos skiriamos pasibaigus ugdymo procesui.

Ugdymo procesas, įgyvendinant pagrindinio ugdymo programą, gali būti skirstomas trimestrais, pusmečiais arba kitokios trukmės laikotarpiais. Ugdymo proceso skirstymą nustato mokyklos vadovas, suderinęs su mokyklos taryba. 

Pagrindinė ugdymo proceso organizavimo forma – pamoka. Mokykla, pasirinkusi kitokią ugdymo proceso organizavimo formą, pavyzdžiui, projekto metodu ar kitaip, tai turi suderinti su atitinkamomis institucijomis. 

Mokykloje mokiniai mokosi penkias dienas per savaitę. Mokiniui mokymosi krūvis per savaitę turi būti optimalus ir paskirstytas proporcingai. Mokiniui, kuris mokosi pagal pagrindinio ugdymo programą, negali būti daugiau kaip 7 pamokos per dieną. Penktų klasių mokiniams, kurie pradeda mokytis pagal pagrindinio ugdymo programos I-ąją dalį, rekomenduojama skirti minimalų privalomų pamokų skaičių. Rekomenduojama penktadienį organizuoti mažiau pamokų nei kitomis savaitės dienomis. Taip pat numatomas laikas neformaliajam švietimui ir mokinio ugdymosi poreikiams tenkinti.

Pamokos pradedamos ne anksčiau kaip 8 val. ir ne vėliau kaip 9 val. ryto. Jei mokykla dirba dviem pamainomis, 10 klasių ir gimnazijos II klasės mokiniai turi mokytis pirmoje pamainoje. Pamokas antroje pamainoje galima pradėti atsižvelgiant į mokyklos galimybes, bet jas būtina baigti ne vėliau kaip 19 val.

Pamokų laikas – 45 min. Jeigu ugdymo proceso metu organizuojami kontroliniai ar kūrybiniai darbai, pamokos trukmė gali būti tikslinama, tačiau didžiausia mokinio veiklos trukmė be pertraukos neturi būti ilgesnė nei 90 min.

Pertraukų trukmė turi būti ne trumpesnė kaip 10 min. Būtina viena ilgoji 30 min. pertrauka arba dvi pertraukos po 20 min., skirtos pietums.