2010 m. patvirtinta Netradicinio ugdymo koncepcija siekiama apibrėžti netradicinio ugdymo vaidmenį ir statusą Lietuvos švietimo sistemoje, netradicinio ugdymo programas teikiančių švietimo įstaigų funkcijas ir pagrindinę veiklą.

Pagrindinės koncepcijos nuostatos atliepia bendruomenės ugdymo poreikių įvairovę ir įgyvendina tėvų ir vaikų teisę pasirinkti tokį ugdymą, kuris atitiktų jų vertybes, pasaulėžiūrą, religinius ir filosofinius įsitikinimus. Jomis užtikrinamas nuoseklus ir laisvas vaiko individualumo ir asmenybės ugdymas ir pagrindžiamas individo prasmingos saviraiškos poreikis. Švietimo įstaigų kūrimas, remiantis alternatyviomis ugdymo struktūromis, leidžia pasirinkti kuo įvairesnių galimybių, išplečia Lietuvos švietimo institucinę įvairovę, skatina ugdymo proceso modernizavimą ir alternatyvių ugdymo metodų paieškas, taip pat atspindi ir stiprina demokratinių pradų sklaidą Lietuvos švietimo sistemoje.  

Vadovaujantis Netradicinio ugdymo koncepcija (2010), netradicinis ugdymas yra pagal formaliojo (pradinio, pagrindinio ir vidurinio) ir (ar) neformaliojo (ikimokyklinio, priešmokyklinio ir kito neformaliojo) ugdymo programas vykdomas ugdymas, grindžiamas savita pedagogine sistema (M. Montessori, Valdorfo, Sh. Suzuki ir kt.) ar atskirais jos elementais. 

Bendrojo lavinimo mokyklos, kurios naudoja netradicinio ugdymo sistemas, grindžia ugdymą savo pačių poreikiams pritaikyta bendrąja ugdymo programa arba rengia savo ugdymo programas, kurios turi būti įregistruotos švietimo, mokslo ir sporto ministro nustatyta tvarka. Netradicinės bendrojo lavinimo mokyklos dirba pagal pasirengtus ugdymo planus, kurie neprieštarauja bendriesiems ugdymo planams, yra suderinti su mokyklos steigėju ir tvirtinami mokyklos direktoriaus įsakymu.

Bendras mokomųjų dalykų ir atskiram dalykui skiriamų valandų skaičius per visą mokymosi mokykloje laikotarpį (1–12 klasėse) gali ne daugiau kaip 25 procentais skirtis nuo valstybiniuose bendruosiuose ugdymo planuose numatytų dalykų ir atskiram dalykui skiriamų valandų skaičiaus. Netradicinės bendrojo lavinimo mokyklos ugdymo proceso organizavimo trukmė (dienos, savaitės ar visų mokslo metų) gali skirtis nuo tradicinės mokyklos ugdymo proceso organizavimo trukmės. Netradicinės mokyklos gali laisvai rinktis ugdymo metodus ir strategijas, padedančias įgyvendinti užsibrėžtus ugdymo tikslus. Jos gali kurti savitą ugdymo aplinką, rengti ir naudoti savitas mokymo priemonių, ugdymo pasiekimų vertinimo sistemas.

1993 m. įkurtas Lietuvos Valdorfo pedagogikos centras yra Tarptautinės Valdorfo mokyklų asociacijos narys. Centras skleidžia Valdorfo pedagogikos idėjas ir skatina jas kūrybiškai taikyti Lietuvoje. Be to, centras verčia ir leidžia pedagoginę ir filosofinę literatūrą. Valdorfo pedagogikos esmė – ugdymo turinio pritaikymas vaikui. Didžiausias dėmesys skiriamas žmogiškosioms vertybėms, kurios padeda vaikui atskleisti savo asmenybę ir ieškoti gėrio ir grožio. Ugdymo turinys rūpestingai pritaikomas pagal vaiko dvasinės raidos ypatumus ir padeda vaikui surasti save ir dorotis su tam tikromis kritinėmis akimirkomis, kurių kartais ištinka įvairiais vaiko raidos tarpsniais. Ugdymas padeda ugdyti ir atskleisti mokinių intelektą, jausmus ir valią.

1993 m. Vilniuje įkurtas Marijos Montessori centras. 1994 m. Kaune įkurta Montessori mokykla-darželis. 1999 m. Lietuvoje perregistruota M. Montessori asociacija. Šiuo metu Lietuvoje Montessori metodiką ugdymo procese taiko viena mokykla-darželis, viena pradinė mokykla ir Vilniuje įsikūręs Montessori metodo centras. Marijos Montessori ugdymo sistemoje ypač akcentuojama vaiko individuali veikla. Pagrindą tokiai veiklai suteikia specialiai sukurta ugdymo aplinka, pritaikyta skirtingiems vaiko raidos etapams, ir mokytojas, kurio profesinė kvalifikacija leidžia taikyti Marijos Montessori ugdymo sistemą darbe.

Greta Lietuvos ugdymo sistemos principų Marijos Montessori mokykla vadovaujasi tokiais pagrindiniais principais: laisve drausmėje, teisių lygybe, individualumu, pastangomis palaikyti vaiko pozityvią veiklą, skatinti jo savikontrolę siekiant išvengti klaidų ir siekti mokyklos ir vaiko šeimos vienybės.

1998 m. įregistruota Lietuvos Shin'ichi Suzuki muzikos mokytojų asociacija inicijuoja muzikos mokymą vaikams, taikant Shin'ichi Suzuki metodą. 2000 m. per surengtus įvadinius kursus buvo pristatytas Shin'ichi Suzuki metodas. 2002 m. Suzuki mokyklai suteiktas pradinės mokyklos statusas ir sudarytos pirmosios priešmokyklinės ir pradinės klasės. Shin'ichi Suzuki metodas vadinamas motinos kalbos metodu ir yra paremtas tikslingu muzikiniu lavinimu. Pagrindinis Shin'ichi Suzuki metodo principas yra tikėjimas, kad negabių vaikų nėra ir kad kiekvienas vaikas turi talentą, kurį privalu atskleisti kuo anksčiau pradedant vaiką lavinti.