Na državnom nivou Ministarstvo civilnih poslova BiH koordinira aktivnosti u oblasti obrazovanja. Takođe na državnom nivou su uspostavljene sljedeće agencije: Agencija za razvoj visokog obrazovanje i obezbjeđenje kvaliteta (http://hea.gov.ba/), Centar za informisanje i priznavanje dokumenata iz područja visokog obrazovanja i (http://cip.gov.ba/) Agencija za predškolsko, osnovno i srednje obrazovanje (http://www.aposo.gov.ba/)

Formirana su i tijela za koordinaciju obrazovnog sektora: Konferencija ministara obrazovanja u BiH i Savjet za opšte obrazovanje u BiH. Uspostavljena je i Rektorska konferencija BiH koja utvrđuje i zastupa zajedničke interese univerziteta u Bosni i Hercegovini, ostvaruje saradnju sa institucijama u oblasti obrazovanja u Bosni i Hercegovini i djeluje kao savjetodavno tijelo za provođenje reforme visokog obrazovanja.

U Republici Srpskoj Ministarstvo prosvjete i kulture Republike Srpske ima odgovornost za obrazovnu politiku, legislativu, administraciju i finansiranje obrazovanja u entitetu, entitetsku zastupljenost u procesima koordiniranja obrazovanja u Bosni i Hercegovini, za implementaciju dokumenata usvojenih na državnom i medjunarodnom nivou i dr. Ministarstvo nauke i tehnološkog razvoja, visokog obrazovanja i informacijskog društva obavlja administrativne i druge stručne poslove u području visokog obrazovanja; studentskih standarda; priprema programe obrazovne saradnje s Federacijom Bosne i Hercegovine, drugim zemljama i međunarodnim organizacijama i međunarodne ugovore iz područja visokog obrazovanja u skladu s Ustavom Republike Srpske i Ustavom Bosne i Hercegovine.

U Federaciji Bosne i Hercegovine uspostavljeno je  Federalno ministarstvo obrazovanja i nauke koje vrši upravne, stručne i druge poslove, te saradnju i koordinaciju aktivnosti sa kantonima, koje se, između ostalog, odnose na: predškolsko, osnovno i srednje obrazovanje; pedagoške standarde i normative; udžbeničku literaturu; stručno obrazovanje i usavršavanje nastavnika; standarde i normative za visoko obrazovanje; naučnoistraživački rad na unapredjenju vaspitno-obrazovnog rada; djački i studentski standard itd.

Odjeljenje za obrazovanje u Vladi Brčko Distrikta Bosne i Hercegovine odgovoran je za organizaciju i funkcionisanje obrazovnog sistema u Brčko Distriktu.

U kantonima nadležnost za obrazovanje imaju kantonalna ministarstva obrazovanja (od kojih su mnoga nadležna za obrazovanje, nauku, kulturu i sport). Njihova veličina i kapacitet za obavljanje funkcija razlikuju se od kantona do kantona.

Propisima u oblasti obrazovanja različito se regulisu nadležnosti lokalnog nivoa u obrazovnom sektoru. To se odnosi na organizaciju obrazovnog procesa, održavanje školskih objekata, učešće u kreiranju dijela nastavnog plana i programa bitnog za lokalnu zajednicu, pa i finansiranje obrazovanja.