Budžet Ministarstva prosvjete, nauke i inovacija koji je dio Budžeta Crne Gore, a koji Skupština Crne Gore usvaja na godišnjem nivou, određuje se iznos sredstava za sektor obrazovanja.

Počev od fiskalne 2005. godine, Ministarstvo primjenjuje programski budžet koji se sastoji od 10 programa.

U skladu sa Opštim zakonom o obrazovanju i vaspitanju, obrazovanje i vaspitanje se finansira iz:

• javnih prihoda (budžeta Crne Gore i opštine)

• sredstava osnivača

• školarine u privatnim ustanovama

• naknade koju plaćaju roditelji

• prihoda od imovine (zakupa)

• sredstava od prodaje usluga i proizvoda

• donacija, sponzorstva i legata

• drugih izvora.

Javnoj ustanovi zabranjeno je finansiranje iz sredstava političkih partija.

Ustanova koja se finansira iz javnih prihoda ne može zahtijevati od učenika, odnosno polaznika participaciju za pokriće troškova obrazovanja (nastavne i vannastavne aktivnosti).U višem stručnom obrazovanju za troškove praktičnog obrazovanja može se odrediti participacija u iznosu do 20% cijene koštanja obrazovanja učenika za taj obrazovni program u javnoj ustanovi. Cijena koštanja obrazovanja učenika još uvijek nije utvrđena.

Javnoj ustanovi, iz mreže ustanova, obezbjeđuju se sredstva iz budžeta Crne Gore za:

1. bruto plate i ostala lična primanja zaposlenih

2. tekuće investiciono održavanje

3. investicije u ustanovama

4. materijalne troškove i rashode za električnu energiju

5. kontinuirani profesionalni razvoj nastavnika

6. dopunsko osnovno obrazovanje građana Crne Gore na privremenom radu u inostranstvu;

7. osnovno obrazovanje odraslih lica

8. eksternu provjeru znanja učenika propisanu zakonom (provjera znanja učenika na kraju trećeg ciklusa, maturski i drugi ispiti)

9. stipendije za talentovane učenike

10. stipendije za deficitarna zanimanja

11. takmičenje učenika

12. eksperimentalnu nastavu

13. smještaj i ishranu učenika koji borave u domovima ili ustanovama za djecu sa posebnim obrazovnim potrebama;

14. subvenciranje udžbenika sa malim tiražom i udžbenika za obrazovanje nacionalnih, odnosno etničkih grupa

15. troškove ishrane djece u predškolskoj ustanovi čiji roditelji su korisnici materijalnog obezbjeđenja porodice u skladu sa posebnim propisima

16. troškove boravka i ishrane, odnosno boravka djeteta samohranog roditelja u predškolskoj ustanovi u visini od 50% visine troškova boravka i ishrane u skladu sa posebnim propisom

17.  troškove ljekarskog, odnosno sanitarno-higijenskog pregleda nastavnika, odnosno zaposlenih u skladu sa ovim zakonom i posebnim propisom;

18. osposobljavanje i usavršavanje direktora i za rad stručnih savjeta

19. razvojni, savjetodavni i istraživački rad u obrazovanju i vaspitanju

20. razvoj informacionog sistema

21. subvenciranje rješavanja stambenih potreba zaposlenih u ustanovi

22. druge obaveze utvrđene zakonom

23. participaciju prevoza učenika.

Pored ovih izdvajanja, Vlada izdvaja posebna sredstava za obrazovni sistem kroz Kapitalni budžet. Značajan iznos sredstava iz kapitalnog budžeta opredjeljuje se za unapređenje školske infrastrukture.

Predškolske ustanove, osnovne škole, gimnazije i stručne škole kao i  ustanove za obrazovanje djece s posebnim obrazovnim potrebama - resursni centri, ustanove za obrazovanje odraslih, domovi učenika, odnosno domovi učenika i studenata i u obrazovni centri, stiči sredstva iz budžeta Crne Gore za jednu školsku godinu na osnovu na osnovu budžetiranih sredstava za određeni obrazovni program, broja učenika, odnosno djece, koeficijenta programske grupe u koju je obrazovni program razvrstan i drugih kriterijuma karakterističnih za obrazovni program, ustanovu i određeno područje. Pravilnikom o normativima i standardima za sticanje sredstava iz javnih prihoda koje realizuju javno važeće obrazovne programe propisani su standardi i mjerila za formiranje odjeljenja i grupa, organizovanje savjetodavne službe, biblioteke, administrativno-računovodstvene i tehničke službe i  procjenu materijalnih troškova.

Za finansiranje potreba tekućeg investicionog održavanja, investicija u ustanovama i materijalnih troškova i rashoda za električnu energiju u javnim ustanovama iz mreže ustanova čiji je osnivač opština, sredstva se obezbjeđuju u budžetu opštine.

Sredstva za finansiranje javnih ustanova koje nijesu u mreži ustanova, a osnivač je opština obezbjeđuju se u budžetu opštine.

Ustanova može sticati sredstva iz budžeta opštine, za:

1. materijalne troškove (održavanje higijene, deratizaciju i dezinfekciju, telefonske i poštanske usluge, internet)

2. investicije u ustanovama čiji je osnivač opština

3. osiguranje objekata ustanove

4. obavezni zdravstveni i sanitarni pregled nastavnika i djece, odnosno učenika

5. prevoz učenika osnovne škole

6. protivpožarnu zaštitu

7. porez i druge dažbine koje propisuje lokalna samouprava

8. korišćenje komunalnih usluga i komunalije

9. naknadu za zemljarinu i firmarinu.

Visina plata zaposlenih u obrazovanju uređena je Granskim kolektivnim ugovorom za oblast prosvjete. Ovim Ugovorom uređuju se pojedina prava i obaveze zaposlenih u javnim ustanovama u oblasti predškolskog vaspitanja i obrazovanja, osnovnog obrazovanja i vaspitanja, srednjeg opšteg obrazovanja (gimnazija), stručnog obrazovanja i vaspitanja i obrazovanja djece s posebnim potrebama i prava i obaveze poslodavaca prema zaposlenima, kao i međusobna prava i obaveze ugovornih strana.

Dana 23. septembra 2024. godine usvojen je Granski kolektivni ugovor o izmjenama i dopunama Granskog kolektivnog ugovora za obrazovanje. Ovaj pravni akt je zaključen kao rezultat socijalnog dijaloga između Vlade Crne Gore i reprezentativnog sindikata crnogorskog obrazovanja, a izmijenjen je i dopunjen u dijelu promjene koeficijenata složenosti, odnosno povećanja zarada zaposlenih u obrazovanju.

Finansiranje visokog obrazovanja u Crnoj Gori regulisano je Zakonom o visokom obrazovanju.

U skladu sa Zakonom ustanova može da se finansira iz:          

• sredstava osnivača

• školarina i drugih naknada koje plaćaju studenti

• intelektualnih i drugih usluga

• donacija, poklona i zavještanja

• prihoda od imovine (zakup)

• projekata i ugovora sa međunarodnim, državnim ili privatnim subjektima u svrhu promovisanja nastave, istraživanja i konsultantskih aktivnosti i

• drugih izvora u skladu sa zakonom.

U skladu sa dostavljenim budžetskim zahtjevima javnih visokoškolskih ustanova, Ministarstvo prosvjete, nauke i inovacija dostavlja budžetski predlog Ministarstvu finansija, koje u okviru budžetskih ograničenja priprema Predlog budžeta Crne Gore. Nakon usvajanja Budžeta, sredstva se opredjeljuju za sektor visokog obrazovanja prema Univerzitetu Crne Gore i Fakultetu za crnogorski jezik.

Takođe, 15. februara 2023. godine usvojen je novi Granski kolektivni ugovor za oblast uprave i pravosuđa, zaključen između reprezentativnog Sindikata uprave i pravosuđa Crne Gore i Vlade Crne Gore, kojim se detaljnije uređuju prava i obaveze iz radnog odnosa, prava i obaveze poslodavca prema zaposlenom, kao i međusobna prava i obaveze ugovornih strana. Ovim pravnim aktom povećane su zarade određenim kategorijama zaposlenih u javnom sektoru.

U junu 2024. godine, Vlada Crne Gore je odobrila Kolektivni ugovor o izmjenama i dopunama Kolektivnog ugovora za Univerzitet Crne Gore. Izmjene Kolektivnog ugovora predviđaju povećanje zarada kroz koeficijente počev od 1. jula 2024. godine i dodatno povećanje od 1. septembra, u kumulativnom neto iznosu od 17%.