Ministarstvo prosvjete, nauke i inovacija, u skladu sa Uredbom o organizaciji i načinu rada državne uprave, obavlja, između ostalog, poslove uprave koji se odnose na: kreiranje, uspostavljanje i razvoj obrazovno-vaspitnog sistema; uslove za osnivanje, rad i licenciranje ustanova u oblasti obrazovanja; organizaciju rada obrazovno-vaspitnih ustanova; normative i standarde za finansiranje obrazovno-vaspitnih ustanova; dopunsku nastavu za djecu crnogorskih državljana koji se nalaze na privremenom radu u inostranstvu; mobilnost studenata i akademskog osoblja i međunarodnu saradnju u oblasti obrazovanja; priznavanje inostranih obrazovnih isprava o završenom osnovnom, srednjem i visokom obrazovanju; donošenje, odnosno odobravanje obrazovnih programa za predškolsko vaspitanje i obrazovanje, osnovno obrazovanje i vaspitanje, srednje opšte obrazovanje, stručno obrazovanje, vaspitanje i obrazovanje djece sa posebnim obrazovnim potrebama i obrazovanje odraslih; upisnu politiku na javnim ustanovama visokog obrazovanja; obrazovanje komisije za praćenje maturskog, odnosno stručnog ispita; davanje saglasnosti na opšta akta javnih ustanova iz oblasti obrazovanja; pripremu predloga propisa iz oblasti obrazovanja; izdavanje udžbenika; nadzor nad zakonitošću rada ustanova u oblasti obrazovanja; ostvarivanje obrazovno-kulturne djelatnosti pripadnika manjinskih naroda i drugih manjinskih nacionalnih zajednica koji žive u Crnoj Gori; razvoj i implementaciju Nacionalnog okvira kvalifikacija u skladu sa Evropskim kvalifikacionim okvirom; planiranje i programiranje, sprovođenje i usklađivanje međunarodne obrazovne saradnje Crne Gore sa drugim državama; obrazovanje i stručno usavršavanje stranaca u Crnoj Gori i crnogorskih državljana u inostranstvu, posebno mladih i talentovanih učenika i studenata; pripremu nacrta zakona, drugih propisa i opštih akata u oblasti naučnoistraživačke i inovacione djelatnosti; učešće u izradi nacrta propisa i pripremi nacrta propisa koji se odnose na podsticanje razvoja istraživanja i inovacija i unapređenje statusa ovih djelatnosti kroz druga zakonska rješenja; usklađivanje domaćih propisa sa pravnom tekovinom Evropske unije u oblasti nauke, istraživanja i inovacija; itd.

Ministarstvo je definisalo posebne organizacione jedinice po oblastima, nakon donošenja Pravilnika o unutrašnjoj organizaciji i sistematizaciji.

Organizacione jedinice Ministarstva prosvjete, nauke i inovacija uključuju:
1. Direktorat za predškolsko i osnovno obrazovanje i vaspitanje
2. Direktorat za gimnazijsko i stručno obrazovanje
3. Direktorat za cjeloživotno učenje
4. Direktorat za visoko obrazovanje i studentski standard
5. Direktorat za obrazovanje i vaspitanje pripadnika manjinskih naroda i drugih manjinskih nacionalnih zajednica
6. Direktorat za međunarodnu saradnju, evropske integracije i EU fondove
7. Direktorat za naučnoistraživačku djelatnost
8. Direktorat za inovacije i pametnu specijalizaciju
9. Odjeljenje za normativno-pravne poslove i harmonizaciju propisa
10. Odjeljenje za drugostepeni upravni postupak i nadzor
11. Odjeljenje za priznavanje inostranih obrazovnih isprava – ENIC/NARIC centar
12. Odjeljenje za informaciono-komunikacione tehnologije
13. Odjeljenje za unutrašnju reviziju
14. Odjeljenje za inkluzivno obrazovanje i vaspitanje
15. Odjeljenje prosvjetne inspekcije 
16. Kabinet ministra
17. Služba za investicije i javne nabavke
18. Služba za finansije i računovodstvo
19. Sektor za kadrovske i opšte poslove

U skladu sa Uredbom o organizaciji i načinu rada državne uprave i u okviru utvrđenog djelokruga rada, Ministarstvo prosvjete, nauke i inovacija vrši nadzor nad samostalnim organima uprave, i to: Zavodom za školstvo, Centrom za stručno obrazovanje, Ispitnim centrom i Zavodom za udžbenike i nastavna sredstva.

Brojna savjetodavna tijela i izvršne institucije pružaju podršku Ministarstvu.

Radi donošenja odluka o tehničkim pitanjima i stručne pomoći u postupcima odlučivanja i pripremi propisa u oblasti obrazovanja, Vlada je, u skladu sa Opštim zakonom o obrazovanju, osnovala Nacionalni savjet za obrazovanje. Savjet, između ostalog, usvaja obrazovne programe za obrazovanje djece sa posebnim obrazovnim potrebama; programe za đačke domove; obrazovne programe prilagođene obrazovanju odraslih; ispitne kataloge za provjeru nacionalnih stručnih kvalifikacija; standarde za izradu udžbenika za predškolsko, osnovno, opšte srednje i stručno obrazovanje, kao i za djecu sa posebnim obrazovnim potrebama; programe stručnog osposobljavanja i usavršavanja direktora ustanova; programe rada stručnih saradnika; uputstva za izradu obrazovnih programa; uputstva za prilagođavanje obrazovnog programa za sticanje nivoa obrazovanja odraslih; standarde kompetencija nastavnika i rukovodilaca.

Nacionalni savjet se imenuje na period od četiri godine.

Za razmatranje pitanja iz svoje nadležnosti, Nacionalni savjet formira stalna radna tijela. Stalna radna tijela uključuju:

• Odbor za opšte obrazovanje
• Odbor za stručno obrazovanje
• Odbor za obrazovanje odraslih

Privremena radna tijela uključuju: komisije, stručne grupe i druga radna tijela.

Radi unapređenja sistema kvalifikacija, odobravanja i svrstavanja kvalifikacija u Okvir kvalifikacija, Vlada Crne Gore je osnovala Savjet za kvalifikacije.

Savjet čini najmanje 11 članova, koji se rotiraju na period od četiri godine, a imenuju se iz Ministarstva prosvjete, nauke i inovacija, organa državne uprave nadležnog za radne odnose, univerziteta, Zavoda za zapošljavanje Crne Gore, Privredne komore Crne Gore, reprezentativnog udruženja poslodavaca, reprezentativne sindikalne organizacije, Centra za stručno obrazovanje, Zavoda za školstvo i Ispitnog centra. Predsjednik Savjeta za visoko obrazovanje i predsjednik Nacionalnog savjeta za obrazovanje su po funkciji članovi Savjeta za kvalifikacije.

Savjet, između ostalog, ima nadležnosti da:
• donosi odluke o svrstavanje kvalifikacija u Okvir kvalifikacija
• predlaže razvoj i unapređenje kvalifikacija nadležnoj instituciji
• donosi odluke o usklađivanju postojećih kvalifikacija radi njihovog svrstavanja u Okvir kvalifikacija
• prati ukupni razvoj Okvira kvalifikacija
• usvaja metodološka dokumenta za svrstavanje kvalifikacija
• utvrđuje kriterijume za izbor članova sektorskih komisija
• usvaja uputstva i smjernice za rad sektorskih komisija, usklađuje njihov rad i odlučuje o njihovim prijedlozima
• donosi akt o formiranju sektorskih komisija
• razmatra i usvaja izvještaje o radu sektorskih komisija

Aktivnosti na unapređenju i razvoju visokog obrazovanja sprovodi Savjet za visoko obrazovanje. Savjet ima sedam članova koji se imenuju na period od četiri godine. Članovi Savjeta se biraju iz reda istaknutih stručnjaka iz oblasti visokog obrazovanja, nauke, umjetnosti, studenata, kao i iz oblasti privrede, društvenih pitanja i drugih relevantnih oblasti. Predstavnici studenata se imenuju na period od dvije godine.

Savjet, između ostalog:
• analizira stanje i dostignuća u visokom obrazovanju i daje stručne prijedloge Ministarstvu i Vladi Crne Gore
• daje mišljenje o prijedlogu strategije razvoja visokog obrazovanja
• propisuje uslove i kriterijume za izbor u akademska zvanja
• daje mišljenje o iznosu sredstava potrebnih za finansiranje javnih visokoškolskih ustanova i studenata koji ih pohađaju, za svaku akademsku godinu
• daje mišljenje o broju studenata i iznosu sredstava potrebnih za finansiranje studenata koji pohađaju studijske programe od javnog interesa na privatnim visokoškolskim ustanovama, za svaku akademsku godinu
• daje mišljenje o propisima iz oblasti visokog obrazovanja
• usvaja standarde za evaluaciju ustanova u skladu sa standardima Evropskog prostora visokog obrazovanja

Aktivnosti koje se odnose na obezbjeđenje kvaliteta u visokom obrazovanju sprovodi Agencija za kontrolu i obezbjeđenje kvaliteta visokog obrazovanja, u skladu sa Evropskim standardima i smjernicama (ESG).

Agencija, između ostalog:
• sprovodi postupak akreditacije studijskog programa i izdaje sertifikat o akreditaciji
• sprovodi postupak spoljne evaluacije visokoškolske ustanove i izdaje sertifikat o reakreditaciji na osnovu izvještaja o reakreditaciji
• sprovodi periodičnu procjenu kvaliteta rada licenciranih visokoškolskih ustanova, na zahtjev ovlašćenog organa ustanove ili Ministarstva
• utvrđuje listu eksperata za akreditaciju studijskih programa, odnosno reakreditaciju ustanova putem javnog poziva
• sarađuje sa visokoškolskim ustanovama u vezi sa pitanjima obezbjeđenja i unapređenja kvaliteta
• analizira izvještaje o samoevaluaciji i spoljnjoj evaluaciji ustanova
• vrši rangiranje visokoškolskih ustanova.