Univerzitetom rukovodi rektor, a visokom školom direktor, u skladu sa zakonom i statutom visokoškolske ustanove.Rektor univerziteta, odnosno direktor visoke škole, za svoj rad u domenu akademskih pitanja odgovara senatu, a u domenu poslovanja upravnom odboru.Rektor univerziteta, odnosno direktor visoke škole, obavlja poslove utvrđene zakonom i statutom visokoškolske ustanove.
Zahtjevi za imenovanje
Za rektora može biti izabran nastavnik u naučno-nastavnom zvanju redovnog profesora, koji je u radnom odnosu sa punim radnim vremenom na univerzitetu na koji se prijavljuje na konkurs za rektora. Za direktora visoke škole može biti birano lice koje ispunjava uslove za nastavnika visoke škole i koje je u radnom odnosu na neodređeno vrijeme, sa punim radnim vremenom na visokoj školi u kojoj je kandidat za direktora.
Rektor univerziteta, dekan fakulteta, direktora visoke škole, finansijski direktor VŠU i osnivač privatne VŠU ne može biti lice koje je pravosnažno osuđivano.
Uslovi poslovanja
Uslovi poslovanja propisani su zakonom o radu, zakonom o visokom obrazovanju, zakonom o platama i drugim aktima i propisima nadležnih obrazovnih institucija koji bliže određuju rad na VŠU.