Op grond van Artikel 23 van de Grondwet worden alle onderwijsinstellingen – openbaar en bijzonder – op gelijke basis gefinancierd. Dit houdt in dat uitgaven die de overheid doet voor het openbaar onderwijs ook gedaan worden voor het bijzonder onderwijs. Scholen en andere onderwijsinstellingen ontvangen jaarlijks één budget van de overheid voor de kosten van materialen en personeel, ook wel de lumpsum genoemd. De scholen mogen zelf bepalen op welke manier zij dit besteden. De Inspectie van het Onderwijs houdt toezicht op het financiële beleid van onderwijsinstellingen.
Deze financieringsvorm ondersteunt de doelstelling van het ministerie van Onderwijs, Cultuur en Wetenschap om scholen minder regels op te leggen. Een lump sum-aanpak biedt onderwijsinstellingen meer vrijheid bij het maken van beleid. Hierdoor hebben scholen de mogelijkheid om de kwaliteit van het onderwijs te verbeteren door hun beleid af te stemmen op de contextuele kenmerken van hun eigen school en regio.
De relatie tussen onderwijsinstellingen en de overheid kenmerkt zich door een hoge mate van institutionele autonomie. Scholen komen automatisch in aanmerking voor financiering als zij voldoen aan de kwaliteitsnormen en financieringsvoorwaarden die de wet stelt voor het onderwijssysteem als geheel.
De financiële middelen worden zowel direct als indirect aan onderwijsinstellingen verstrekt. De belangrijkste (indirecte) financiële steunstromen verlopen via gemeenten, bijvoorbeeld voor de financiering van volwassenenonderwijs en huisvesting voor basis- en voortgezet onderwijs. In het Nederlandse beroepsonderwijs en het hoger onderwijs zijn de tarieven voor het collegegeld wettelijk vastgelegd. Studenten betalen hun collegegeld rechtstreeks aan de onderwijsinstellingen. Voor basisscholen en middelbare scholen wordt geen lesgeld berekend.
Onderwijsinstellingen kunnen ook inkomsten genereren uit andere bronnen, zoals het aanvragen van aanvullende subsidies of subsidies bij de gemeente voor bijzondere projecten, rente op kapitaal, sponsoring en donaties.